jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
   4
   5 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
   6 ;; URL: https://github.com/jkitchin/org-ref
   7 ;; Version: 0.1
   8 ;; Keywords: org-mode, bibtex
   9 ;; Package-Requires: ((org-ref) (s) (dash) (doi-utils) (key-chord))
  10
  11 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  12
  13 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  14 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  15 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  16 ;; your option) any later version.
  17
  18 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  19 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  21 ;; General Public License for more details.
  22
  23 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  25 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  26 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  27
  28 ;;; Commentary:
  29
  30 ;;
  31 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
  32 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
  33 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
  34 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the journal with a string
  35 ;;
  36 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex entry
  37 ;;
  38 ;; jmax-title-case-article
  39 ;; jmax-sentence-case-article
  40 ;;
  41 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  42 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  43 ;;
  44 ;; Functions to act on an entry
  45 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  46 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  47 ;; jmax-bibtex :: a deprecated menu of actions
  48 (require 'hydra)
  49 (require 'key-chord)
  50
  51 ;;; Code:
  52 (defgroup jmax-bibtex nil
  53   "Customization group for jmax-bibtex.")
  54
  55
  56 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  57   nil
  58   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  59 I like \"jj\""
  60   :type 'string
  61   :group 'jmax-bibtex)
  62
  63
  64 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  65   nil
  66   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  67 I like \C-cj."
  68   :type 'string
  69   :group 'jmax-bibtex)
  70
  71
  72 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  73   '(("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  74     ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  75     ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  76     ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  77     ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition" "Angew. Chem. Int. Edit.")
  78     ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  79     ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  80     ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  81     ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
  82     ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
  83     ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
  84     ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
  85     ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
  86     ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
  87     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  88     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  89     ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
  90     ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects" "Colloids Surf., A")
  91     ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
  92     ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
  93     ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
  94     ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
  95     ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
  96     ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
  97     ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
  98     ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
  99     ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research" "Ind. Eng. Chem. Res.")
 100     ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
 101     ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
 102     ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
 103     ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
 104     ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
 105     ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
 106     ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 107     ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
 108     ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
 109     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 110     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 111     ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
 112     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 113     ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
 114     ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids" "J. Phys. Chem. Solids")
 115     ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter" "J. Phys.: Condens. Matter")
 116     ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
 117     ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
 118     ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
 119     ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
 120     ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
 121     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 122     ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A" "J. Vac. Sci. Technol. A")
 123     ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
 124     ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 125     ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 126     ("Nature" "Nature" "Nature")
 127     ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 128     ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 129     ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 130     ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 131     ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 132     ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 133     ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 134     ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 135     ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 136     ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 137     ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 138     ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 139     ("Science" "Science" "Science")
 140     ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 141     ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 142     ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 143     ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 144     ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 145     ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 146     ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters" "J. Phys. Chem. Lett.")
 147     ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 148     ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering" "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 149     ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 150     ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 151     ("WR" "Water Research" "Water Res."))
 152   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
 153
 154
 155 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 156   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 157 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 158   (interactive)
 159   (with-temp-file "longtitles.bib"
 160     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 161       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 162                       (nth 0 row)
 163                       (nth 1 row))))))
 164
 165
 166 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 167     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 168 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 169   (interactive)
 170   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 171     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 172       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 173                       (nth 0 row)
 174                       (nth 2 row))))))
 175
 176
 177 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 178   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 179 The strings are defined in
 180 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 181 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 182   (interactive)
 183   (bibtex-beginning-of-entry)
 184   (when
 185       (string= "article"
 186                (downcase
 187                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 188     (let* ((full-names (mapcar
 189                         (lambda (row)
 190                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 191                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 192            (abbrev-names (mapcar
 193                           (lambda (row)
 194                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 195                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 196            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 197            (bstring (or
 198                      (cdr (assoc journal full-names))
 199                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 200       (when bstring
 201         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 202         (bibtex-fill-entry)))))
 203
 204 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 205   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 206 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 207   (interactive (list
 208                 (ido-completing-read
 209                  "Journal: "
 210                  (mapcar
 211                   (lambda (x)
 212                     (nth 1 x))
 213                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 214   ;; construct data alist for the string lookup.
 215   (let ((alist (mapcar
 216                 (lambda (x)
 217                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 218                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 219     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 220     (bibtex-fill-entry)
 221     (bibtex-clean-entry)))
 222
 223 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 224 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 225   '()
 226   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 227
 228 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 229       '(("í" . "{\\\\'i}")
 230         ("æ" . "{\\\\ae}")
 231         ("ć" . "{\\\\'c}")
 232         ("é" . "{\\\\'e}")
 233         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 234         ("è" . "{\\\\`e}")
 235         ("à" . "{\\\\`a}")
 236         ("á" . "{\\\\'a}")
 237         ("ø" . "{\\\\o}")
 238         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 239         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 240         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 241         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 242         ("å" . "{\\\\aa}")
 243         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 244         ("Á" . "{\\\\'A}")
 245         ("á" . "{\\\\'a}")
 246         ("í" . "{\\\\'i}")
 247         ("ó" . "{\\\\'o}")
 248         ("ó" . "{\\\\'o}")
 249         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 250         ("ú" . "{\\\\'u}")
 251         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 252         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 253         ("İ" . "{\\\\.I}")
 254         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 255         ("δ" . "$\\\\delta$")
 256         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 257         ("ß" . "{\\\\ss}")
 258         ("≤" . "$\\\\le$")
 259         ("<" . "$\\\\lt$")
 260         ("θ" . "$\\\\theta$")
 261         ("μ" . "$\\\\mu$")
 262         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 263         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 264         ("×" . "$\\\\times$")
 265         ("°" . "$\\\\deg$")
 266         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 267         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 268         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 269         (" " . " ")
 270         (" " . " ")
 271         ("–" . "-")
 272         ("−" . "-")
 273         ("–" . "-")
 274         ("—" . "-")
 275         ("‘" . "'")
 276         ("’" . "'")
 277         ("“" . "\"")
 278         ("’" . "'")
 279         ("”" . "\"")))
 280
 281 (defun jmax-replace-nonascii ()
 282   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 283
 284   (interactive)
 285   (save-restriction
 286     (bibtex-narrow-to-entry)
 287     (goto-char (point-min))
 288     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 289       (while (re-search-forward char nil t)
 290         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 291       (goto-char (point-min))))
 292   (save-buffer))
 293
 294 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 295
 296
 297 (defvar jmax-lower-case-words
 298   '("a" "an" "on" "and" "for"
 299     "the" "of" "in")
 300   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 301
 302
 303 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 304   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 305 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 306 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 307 all the title entries in articles."
 308   (interactive)
 309   (bibtex-beginning-of-entry)
 310
 311   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 312          (words (split-string title))
 313          (start 0))
 314     (when
 315         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 316       (setq words (mapcar
 317                    (lambda (word)
 318                      (if (or
 319                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 320                           ;; LaTeX or protected words
 321                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 322                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 323                           ;; are the first word
 324                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 325                          word
 326                        (s-capitalize word)))
 327                    words))
 328
 329       ;; Check if first word should be capitalized
 330       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 331         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 332
 333       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 334
 335       ;; Capitalize letters after a dash
 336       (while
 337           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 338         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 339           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 340                 (format "%s" (upcase char)))
 341           (setq start (match-end 1))))
 342
 343       ;; this is defined in doi-utils
 344       (bibtex-set-field
 345        "title"
 346        title)
 347       (bibtex-fill-entry))))
 348
 349 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 350
 351
 352 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 353   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 354 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 355 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 356 all the title entries in articles."
 357   (interactive)
 358   (bibtex-beginning-of-entry)
 359
 360   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 361          (words (split-string title))
 362          (start 0))
 363     (when
 364         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 365       (setq words (mapcar
 366                    (lambda (word)
 367                      (if
 368                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 369                          ;; LaTeX or protected words
 370                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 371                          word
 372                        (s-downcase word)))
 373                    words))
 374
 375       ;; capitalize first word
 376       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 377
 378       ;; join the words
 379       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 380
 381       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 382       (while
 383           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 384         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 385           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 386 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 387                 (format "%s" (upcase char)))
 388           (setq start (match-end 1))))
 389
 390       ;; this is defined in doi-utils
 391       (bibtex-set-field
 392        "title" title)
 393
 394       ;; clean and refill entry so it looks nice
 395       (bibtex-clean-entry)
 396       (bibtex-fill-entry))))
 397
 398
 399
 400
 401 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 402   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 403 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 404 forward.  Negative numbers do nothing."
 405   (interactive "P")
 406   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 407   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 408   (when (= (point) (save-excursion
 409                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 410     (forward-char)
 411     (jmax-bibtex-next-entry))
 412
 413   ;; search forward for an entry
 414   (when
 415       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 416     ;; go to beginning of the entry
 417     (bibtex-beginning-of-entry)))
 418
 419
 420 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 421   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 422 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 423   (interactive "P")
 424   (bibtex-beginning-of-entry)
 425  (when
 426      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 427    (bibtex-beginning-of-entry)))
 428
 429
 430 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 431   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 432   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 433   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 434
 435 ;; add to bibtex-mode-hook
 436 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 437
 438
 439 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 440   "Get doi from entry at point."
 441   (interactive)
 442   (save-excursion
 443     (bibtex-beginning-of-entry)
 444     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 445
 446
 447 (defun jmax-bibtex-wos ()
 448   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 449   (interactive)
 450   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 451
 452
 453 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 454   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 455   (interactive)
 456   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 457
 458
 459 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 460   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 461   (interactive)
 462   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 463
 464
 465 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 466   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 467   (interactive)
 468   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 469
 470
 471 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 472   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 473   (interactive)
 474   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 475
 476
 477 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 478   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 479   (interactive)
 480   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 481
 482
 483 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 484   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 485   (interactive)
 486   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 487
 488
 489 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 490   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 491 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 492 functions with a DOI argument."
 493   (interactive)
 494   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 495
 496
 497 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 498 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 499    "
 500 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 501 _b_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 502 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _r_: WOS related
 503 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 504 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 505 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 506 _u_: Update field _f_: file funcs
 507 "
 508    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 509    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 510    ("w" jmax-bibtex-wos)
 511    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 512    ("r" jmax-bibtex-wos-related)
 513    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 514    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 515    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 516    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 517    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 518    ("d" bibtex-kill-entry)
 519    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 520    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 521    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 522    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 523    ("K" (lambda ()
 524           (interactive)
 525           (org-ref-set-bibtex-keywords
 526            (read-input "Keywords: "
 527                        (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 528            t)))
 529    ("b" org-ref-open-in-browser)
 530    ("r" (lambda () (interactive)
 531           (bibtex-beginning-of-entry)
 532           (bibtex-kill-entry)
 533           (find-file (ido-completing-read
 534                       "Bibtex file: "
 535                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 536           (goto-char (point-max))
 537           (bibtex-yank)
 538           (save-buffer)
 539           (kill-buffer)))
 540    ("e" email-bibtex-entry)
 541    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 542    ("u" doi-utils-update-field)
 543    ("f" jmax-bibtex-file/body)
 544    ("h" helm-bibtex)
 545    ("a" jmax-replace-nonascii)
 546    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 547    ("q" nil))
 548
 549 ;; create key-chord and key binding for hydra
 550 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 551   (key-chord-define-global
 552    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 553    'jmax-bibtex-hydra/body))
 554
 555
 556 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 557   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 558
 559
 560 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 561 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 562   "New Bibtex entry:"
 563   ("a" bibtex-Article "Article")
 564   ("b" bibtex-Book "Book")
 565   ("i" bibtex-InBook "In book")
 566   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 567   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 568   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 569   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 570   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 571   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 572   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 573   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 574   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 575   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 576   ("q" nil "quit"))
 577
 578 ;; a hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 579 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 580   "Bibtex file functions: "
 581   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 582   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 583   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 584   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 585   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 586
 587
 588 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 589  "Functions to run in doi menu.
 590 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 591 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 592 I prefer the hydra interfaces above.")
 593
 594 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 595       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 596         ("C" "opy" (lambda (doi)
 597                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 598                      (bury-buffer)))
 599         ("w" "os" doi-utils-wos)
 600         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 601         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 602         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 603         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 604         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 605
 606 (defun jmax-bibtex ()
 607   "Menu command to run in a bibtex entry.
 608 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 609 entry having a doi."
 610
 611   (interactive)
 612   ;; construct menu string as a message
 613   (message
 614    (concat
 615     (mapconcat
 616      (lambda (tup)
 617        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 618                (elt tup 1) " "))
 619      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 620   (let* ((input (read-char-exclusive))
 621          (choice (assoc
 622                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 623     (when choice
 624       (funcall
 625        (elt
 626         choice
 627         2)
 628        (jmax-bibtex-entry-doi)
 629        ))))
 630
 631 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 632
 633 (provide 'jmax-bibtex)
 634
 635 ;;; jmax-bibtex.el ends here