jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
   4
   5 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
   6 ;; URL: https://github.com/jkitchin/org-ref
   7 ;; Version: 0.1
   8 ;; Keywords: org-mode, bibtex
   9 ;; Package-Requires: ((org-ref) (s) (dash) (doi-utils) (key-chord))
  10
  11 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  12
  13 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  14 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  15 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  16 ;; your option) any later version.
  17
  18 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  19 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  21 ;; General Public License for more details.
  22
  23 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  25 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  26 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  27
  28 ;;; Commentary:
  29
  30 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
  31 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
  32 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in
  33 ;; `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
  34 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the
  35 ;; journal with a string
  36 ;;
  37 ;; jmax-title-case-article :: title case the title in an article
  38 ;; jmax-sentence-case-article :: sentence case the title in an article.
  39
  40 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex
  41 ;; entry. Replacements are in `jmax-nonascii-latex-replacements'.
  42 ;;
  43 ;; jmax-title-case-article
  44 ;; jmax-sentence-case-article
  45 ;;
  46 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  47 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  48 ;;
  49 ;; Functions to act on a bibtex entry or file
  50 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  51 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  52 ;; jmax-bibtex-file/body gives a hydra menu of actions for the bibtex file
  53 ;;
  54 ;; jmax-bibtex :: a deprecated menu of actions
  55
  56 (require 'hydra)
  57 (require 'key-chord)
  58
  59 ;;; Code:
  60 ;; * Custom variables
  61 (defgroup jmax-bibtex nil
  62   "Customization group for jmax-bibtex.")
  63
  64
  65 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  66   nil
  67   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  68 I like \"jj\""
  69   :type 'string
  70   :group 'jmax-bibtex)
  71
  72
  73 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  74   nil
  75   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  76 I like \C-cj."
  77   :type 'string
  78   :group 'jmax-bibtex)
  79
  80 ;; * Journal abbreviations
  81 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  82   '()
  83   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
  84
  85 (setq jmax-bibtex-journal-abbreviations
  86       '(("ACR" "Accounts of Chemical Research" "Acc. Chem. Res.")
  87         ("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  88         ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  89         ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  90         ("AEM" "Advanced Energy Materials" "Adv. Energy Mater.")
  91         ("AAMI" "ACS Applied Materials \\& Interfaces"
  92          "ACS Appl. Mater. Interfaces")
  93         ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  94         ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition"
  95          "Angew. Chem. Int. Edit.")
  96         ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  97         ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  98         ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  99         ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
 100         ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
 101         ("CC" "Catalysis Communications" "Catal. Commun.")
 102         ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
 103         ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
 104         ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
 105         ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
 106         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 107         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 108         ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
 109         ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects" "Colloids Surf., A")
 110         ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
 111         ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
 112         ("CSE" "Computing in Science \\& Engineering" "Comput. Sci. Eng.")
 113         ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
 114         ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
 115         ("EA" "Electrochimica Acta" "Electrochim. Acta")
 116         ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
 117         ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
 118         ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
 119         ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
 120         ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research" "Ind. Eng. Chem. Res.")
 121         ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
 122         ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
 123         ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
 124         ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
 125         ("JAE" "Journal of Applied Electrochemistry" "J. Appl. Electrochem.")
 126         ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
 127         ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
 128         ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 129         ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
 130         ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
 131         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 132         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 133         ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
 134         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 135         ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
 136         ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids" "J. Phys. Chem. Solids")
 137         ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter" "J. Phys.: Condens. Matter")
 138         ("JPS" "Journal of Power Sources" "J. Power Sources")
 139         ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
 140         ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
 141         ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
 142         ("JASIST" "Journal of the American Society for Information Science and Technology" "J. Am. Soc. Inf. Sci. Technol.")
 143         ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
 144         ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
 145         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 146         ("JRS" "Journal of Raman Spectroscopy" "J. Raman Spectrosc.")
 147         ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A" "J. Vac. Sci. Technol. A")
 148         ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
 149         ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 150         ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 151         ("Nature" "Nature" "Nature")
 152         ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 153         ("NC" "Nature Chemistry" "Nat. Chem.")
 154         ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 155         ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 156         ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 157         ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 158         ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 159         ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 160         ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 161         ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 162         ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 163         ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 164         ("PNAS" "Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America" "Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.")
 165         ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 166         ("Science" "Science" "Science")
 167         ("SM" "Scripta Materialia" "Scr. Mater.")
 168         ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 169         ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 170         ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 171         ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 172         ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 173         ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 174         ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters" "J. Phys. Chem. Lett.")
 175         ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 176         ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering" "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 177         ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 178         ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 179         ("WR" "Water Research" "Water Res.")))
 180
 181
 182 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 183   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 184 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 185   (interactive)
 186   (with-temp-file "longtitles.bib"
 187     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 188       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 189                       (nth 0 row)
 190                       (nth 1 row))))))
 191
 192
 193 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 194     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 195 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 196   (interactive)
 197   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 198     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 199       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 200                       (nth 0 row)
 201                       (nth 2 row))))))
 202
 203
 204 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 205   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 206 The strings are defined in
 207 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 208 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 209   (interactive)
 210   (bibtex-beginning-of-entry)
 211   (when
 212       (string= "article"
 213                (downcase
 214                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 215     (let* ((full-names (mapcar
 216                         (lambda (row)
 217                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 218                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 219            (abbrev-names (mapcar
 220                           (lambda (row)
 221                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 222                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 223            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 224            (bstring (or
 225                      (cdr (assoc journal full-names))
 226                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 227       (when bstring
 228         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 229         (bibtex-fill-entry)))))
 230
 231 (defun jmax-helm-set-journal-string ()
 232   "Helm interface to set a journal string."
 233   (interactive)
 234   (bibtex-set-field
 235    "journal"
 236    (helm :sources `((name . "journal")
 237                     (candidates . ,(mapcar
 238                                     (lambda (x)
 239                                       (cons (nth 1 x)
 240                                             (car x)))
 241                                     jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 242                     (action . (lambda (x) (identity x))))
 243          :input (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 244    t)
 245   (bibtex-fill-entry)
 246   (bibtex-clean-entry))
 247
 248
 249 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 250   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 251 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 252   (interactive (list
 253                 (ido-completing-read
 254                  "Journal: "
 255                  (mapcar
 256                   (lambda (x)
 257                     (nth 1 x))
 258                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 259   ;; construct data alist for the string lookup.
 260   (let ((alist (mapcar
 261                 (lambda (x)
 262                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 263                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 264     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 265     (bibtex-fill-entry)
 266     (bibtex-clean-entry)))
 267
 268 ;; * Non-ascii character replacement
 269 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 270 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 271   '()
 272   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 273
 274 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 275       '(("í" . "{\\\\'i}")
 276         ("æ" . "{\\\\ae}")
 277         ("ć" . "{\\\\'c}")
 278         ("é" . "{\\\\'e}")
 279         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 280         ("è" . "{\\\\`e}")
 281         ("à" . "{\\\\`a}")
 282         ("á" . "{\\\\'a}")
 283         ("ø" . "{\\\\o}")
 284         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 285         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 286         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 287         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 288         ("å" . "{\\\\aa}")
 289         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 290         ("Á" . "{\\\\'A}")
 291         ("á" . "{\\\\'a}")
 292         ("í" . "{\\\\'i}")
 293         ("ó" . "{\\\\'o}")
 294         ("ó" . "{\\\\'o}")
 295         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 296         ("ú" . "{\\\\'u}")
 297         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 298         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 299         ("İ" . "{\\\\.I}")
 300         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 301         ("δ" . "$\\\\delta$")
 302         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 303         ("ß" . "{\\\\ss}")
 304         ("≤" . "$\\\\le$")
 305         ("<" . "$\\\\lt$")
 306         ("θ" . "$\\\\theta$")
 307         ("μ" . "$\\\\mu$")
 308         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 309         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 310         ("×" . "$\\\\times$")
 311         ("°" . "$\\\\deg$")
 312         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 313         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 314         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 315         (" " . " ")
 316         (" " . " ")
 317         ("–" . "-")
 318         ("−" . "-")
 319         ("–" . "-")
 320         ("—" . "-")
 321         ("‘" . "'")
 322         ("’" . "'")
 323         ("’" . "'")
 324         ("“" . "\"")
 325         ("’" . "'")
 326         ("”" . "\"")))
 327
 328 (defun jmax-replace-nonascii ()
 329   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 330
 331   (interactive)
 332   (save-restriction
 333     (bibtex-narrow-to-entry)
 334     (goto-char (point-min))
 335     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 336       (while (re-search-forward char nil t)
 337         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 338       (goto-char (point-min))))
 339   (save-buffer))
 340
 341 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 342
 343 ;; * Title case transformations
 344 (defvar jmax-lower-case-words
 345   '("a" "an" "on" "and" "for"
 346     "the" "of" "in")
 347   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 348
 349
 350 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 351   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 352 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 353 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 354 all the title entries in articles."
 355   (interactive)
 356   (bibtex-beginning-of-entry)
 357
 358   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 359          (words (split-string title))
 360          (start 0))
 361     (when
 362         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 363       (setq words (mapcar
 364                    (lambda (word)
 365                      (if (or
 366                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 367                           ;; LaTeX or protected words
 368                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 369                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 370                           ;; are the first word
 371                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 372                          word
 373                        (s-capitalize word)))
 374                    words))
 375
 376       ;; Check if first word should be capitalized
 377       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 378         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 379
 380       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 381
 382       ;; Capitalize letters after a dash
 383       (while
 384           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 385         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 386           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 387                 (format "%s" (upcase char)))
 388           (setq start (match-end 1))))
 389
 390       ;; this is defined in doi-utils
 391       (bibtex-set-field
 392        "title"
 393        title)
 394       (bibtex-fill-entry))))
 395
 396 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 397
 398
 399 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 400   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 401 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 402 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 403 all the title entries in articles."
 404   (interactive)
 405   (bibtex-beginning-of-entry)
 406
 407   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 408          (words (split-string title))
 409          (start 0))
 410     (when
 411         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 412       (setq words (mapcar
 413                    (lambda (word)
 414                      (if
 415                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 416                          ;; LaTeX or protected words
 417                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 418                          word
 419                        (s-downcase word)))
 420                    words))
 421
 422       ;; capitalize first word
 423       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 424
 425       ;; join the words
 426       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 427
 428       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 429       (while
 430           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 431         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 432           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 433 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 434                 (format "%s" (upcase char)))
 435           (setq start (match-end 1))))
 436
 437       ;; this is defined in doi-utils
 438       (bibtex-set-field
 439        "title" title)
 440
 441       ;; clean and refill entry so it looks nice
 442       (bibtex-clean-entry)
 443       (bibtex-fill-entry))))
 444
 445 ;; * Navigation in bibtex file
 446 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 447   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 448 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 449 forward.  Negative numbers do nothing."
 450   (interactive "P")
 451   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 452   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 453   (when (= (point) (save-excursion
 454                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 455     (forward-char)
 456     (jmax-bibtex-next-entry))
 457
 458   ;; search forward for an entry
 459   (when
 460       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 461     ;; go to beginning of the entry
 462     (bibtex-beginning-of-entry)))
 463
 464
 465 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 466   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 467 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 468   (interactive "P")
 469   (bibtex-beginning-of-entry)
 470  (when
 471      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 472    (bibtex-beginning-of-entry)))
 473
 474
 475 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 476   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 477   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 478   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 479
 480 ;; add to bibtex-mode-hook
 481 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 482
 483 ;; * Functions to act on an entry with a doi
 484 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 485   "Get doi from entry at point."
 486   (interactive)
 487   (save-excursion
 488     (bibtex-beginning-of-entry)
 489     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 490
 491
 492 (defun jmax-bibtex-wos ()
 493   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 494   (interactive)
 495   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 496
 497
 498 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 499   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 500   (interactive)
 501   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 502
 503
 504 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 505   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 506   (interactive)
 507   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 508
 509
 510 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 511   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 512   (interactive)
 513   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 514
 515
 516 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 517   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 518   (interactive)
 519   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 520
 521
 522 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 523   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 524   (interactive)
 525   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 526
 527
 528 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 529   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 530   (interactive)
 531   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 532
 533
 534 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 535   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 536 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 537 functions with a DOI argument."
 538   (interactive)
 539   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 540
 541
 542 ;; * Hydra menus
 543 ;; ** Hydra menu for bibtex entries
 544 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 545 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 546    "
 547 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 548 _b_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 549 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _a_: WOS related
 550 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 551 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 552 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 553 _u_: Update field _F_: file funcs
 554 _T_: Title case
 555 _S_: Sentence case
 556 "
 557    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 558    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 559    ("w" jmax-bibtex-wos)
 560    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 561    ("a" jmax-bibtex-wos-related)
 562    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 563    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 564    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 565    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 566    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 567    ("d" bibtex-kill-entry)
 568    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 569    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 570    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 571    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 572    ("K" (lambda ()
 573           (interactive)
 574           (org-ref-set-bibtex-keywords
 575            (read-string "Keywords: "
 576                         (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 577            t)))
 578    ("b" org-ref-open-in-browser)
 579    ("r" (lambda () (interactive)
 580           (bibtex-beginning-of-entry)
 581           (bibtex-kill-entry)
 582           (find-file (ido-completing-read
 583                       "Bibtex file: "
 584                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 585           (goto-char (point-max))
 586           (bibtex-yank)
 587           (save-buffer)
 588           (kill-buffer)))
 589    ("e" email-bibtex-entry)
 590    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 591    ("u" doi-utils-update-field)
 592    ("F" jmax-bibtex-file/body)
 593    ("h" helm-bibtex)
 594    ("a" jmax-replace-nonascii)
 595    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 596    ("T" jmax-title-case-article)
 597    ("S" jmax-sentence-case-article)
 598    ("q" nil))
 599
 600 ;; create key-chord and key binding for hydra
 601 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 602   (key-chord-define-global
 603    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 604    'jmax-bibtex-hydra/body))
 605
 606
 607 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 608   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 609
 610 ;; ** Hydra menu for new bibtex entries
 611 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 612 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 613   "New Bibtex entry:"
 614   ("a" bibtex-Article "Article")
 615   ("b" bibtex-Book "Book")
 616   ("i" bibtex-InBook "In book")
 617   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 618   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 619   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 620   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 621   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 622   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 623   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 624   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 625   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 626   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 627   ("q" nil "quit"))
 628
 629
 630 ;; ** Hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 631 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 632   "Bibtex file functions: "
 633   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 634   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 635   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 636   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 637   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 638
 639
 640 ;; * DEPRECATED bibtex menu
 641 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 642  "Functions to run in doi menu.
 643 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 644 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 645 I prefer the hydra interfaces above.")
 646
 647 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 648       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 649         ("C" "opy" (lambda (doi)
 650                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 651                      (bury-buffer)))
 652         ("w" "os" doi-utils-wos)
 653         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 654         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 655         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 656         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 657         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 658
 659 (defun jmax-bibtex ()
 660   "Menu command to run in a bibtex entry.
 661 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 662 entry having a doi."
 663
 664   (interactive)
 665   ;; construct menu string as a message
 666   (message
 667    (concat
 668     (mapconcat
 669      (lambda (tup)
 670        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 671                (elt tup 1) " "))
 672      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 673   (let* ((input (read-char-exclusive))
 674          (choice (assoc
 675                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 676     (when choice
 677       (funcall
 678        (elt
 679         choice
 680         2)
 681        (jmax-bibtex-entry-doi)
 682        ))))
 683
 684 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 685
 686 ;; * The end
 687 (provide 'jmax-bibtex)
 688
 689 ;;; jmax-bibtex.el ends here