jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
   4
   5 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
   6 ;; URL: https://github.com/jkitchin/org-ref
   7 ;; Version: 0.1
   8 ;; Keywords: org-mode, bibtex
   9 ;; Package-Requires: ((org-ref) (s) (dash) (doi-utils) (key-chord))
  10
  11 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  12
  13 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  14 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  15 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  16 ;; your option) any later version.
  17
  18 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  19 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  21 ;; General Public License for more details.
  22
  23 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  25 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  26 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  27
  28 ;;; Commentary:
  29
  30 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
  31 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
  32 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in
  33 ;; `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
  34 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the
  35 ;; journal with a string
  36 ;;
  37 ;; jmax-title-case-article :: title case the title in an article
  38 ;; jmax-sentence-case-article :: sentence case the title in an article.
  39
  40 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex
  41 ;; entry. Replacements are in `jmax-nonascii-latex-replacements'.
  42 ;;
  43 ;; jmax-title-case-article
  44 ;; jmax-sentence-case-article
  45 ;;
  46 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  47 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  48 ;;
  49 ;; Functions to act on a bibtex entry or file
  50 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  51 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  52 ;; jmax-bibtex-file/body gives a hydra menu of actions for the bibtex file
  53 ;;
  54 ;; jmax-bibtex :: a deprecated menu of actions
  55
  56 (require 'hydra)
  57 (require 'key-chord)
  58
  59 ;;; Code:
  60 ;; * Custom variables
  61 (defgroup jmax-bibtex nil
  62   "Customization group for jmax-bibtex.")
  63
  64
  65 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  66   nil
  67   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  68 I like \"jj\""
  69   :type 'string
  70   :group 'jmax-bibtex)
  71
  72
  73 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  74   nil
  75   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  76 I like \C-cj."
  77   :type 'string
  78   :group 'jmax-bibtex)
  79
  80 ;; * Journal abbreviations
  81 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  82   '()
  83   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
  84
  85 (setq jmax-bibtex-journal-abbreviations
  86       '(("ACR" "Accounts of Chemical Research" "Acc. Chem. Res.")
  87         ("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  88         ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  89         ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  90         ("AEM" "Advanced Energy Materials" "Adv. Energy Mater.")
  91         ("AAMI" "ACS Applied Materials \\& Interfaces"
  92          "ACS Appl. Mater. Interfaces")
  93         ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  94         ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition"
  95          "Angew. Chem. Int. Edit.")
  96         ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  97         ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  98         ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  99         ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
 100         ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
 101         ("CC" "Catalysis Communications" "Catal. Commun.")
 102         ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
 103         ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
 104         ("ChC" "Chemical Communications" "Chem. Commun.")
 105         ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
 106         ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
 107         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 108         ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
 109         ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
 110         ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects"
 111          "Colloids Surf., A")
 112         ("CF" "Combustion and Flame" "Combust. Flame")
 113         ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
 114         ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
 115         ("CSE" "Computing in Science \\& Engineering" "Comput. Sci. Eng.")
 116         ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
 117         ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
 118         ("EA" "Electrochimica Acta" "Electrochim. Acta")
 119         ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
 120         ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
 121         ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
 122         ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
 123         ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research"
 124          "Ind. Eng. Chem. Res.")
 125         ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
 126         ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
 127         ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
 128         ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
 129         ("JAE" "Journal of Applied Electrochemistry" "J. Appl. Electrochem.")
 130         ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
 131         ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
 132         ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 133         ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
 134         ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
 135         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 136         ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 137         ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
 138         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 139         ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
 140         ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids"
 141          "J. Phys. Chem. Solids")
 142         ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter"
 143          "J. Phys.: Condens. Matter")
 144         ("JPS" "Journal of Power Sources" "J. Power Sources")
 145         ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
 146         ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
 147         ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
 148         ("JASIST" "Journal of the American Society for Information Science and Technology"
 149          "J. Am. Soc. Inf. Sci. Technol.")
 150         ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
 151         ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
 152         ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 153         ("JRS" "Journal of Raman Spectroscopy" "J. Raman Spectrosc.")
 154         ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A"
 155          "J. Vac. Sci. Technol. A")
 156         ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
 157         ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 158         ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 159         ("Nature" "Nature" "Nature")
 160         ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 161         ("NC" "Nature Chemistry" "Nat. Chem.")
 162         ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 163         ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 164         ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 165         ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 166         ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 167         ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 168         ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 169         ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 170         ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 171         ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 172         ("PNAS" "Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America"
 173          "Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.")
 174         ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 175         ("Science" "Science" "Science")
 176         ("SM" "Scripta Materialia" "Scr. Mater.")
 177         ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 178         ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 179         ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 180         ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 181         ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 182         ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 183         ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters"
 184          "J. Phys. Chem. Lett.")
 185         ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 186         ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering"
 187          "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 188         ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 189         ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 190         ("WR" "Water Research" "Water Res.")))
 191
 192
 193 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 194   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 195 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 196   (interactive)
 197   (with-temp-file "longtitles.bib"
 198     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 199       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 200                       (nth 0 row)
 201                       (nth 1 row))))))
 202
 203
 204 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 205     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 206 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 207   (interactive)
 208   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 209     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 210       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 211                       (nth 0 row)
 212                       (nth 2 row))))))
 213
 214
 215 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 216   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 217 The strings are defined in
 218 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 219 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 220   (interactive)
 221   (bibtex-beginning-of-entry)
 222   (when
 223       (string= "article"
 224                (downcase
 225                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 226     (let* ((full-names (mapcar
 227                         (lambda (row)
 228                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 229                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 230            (abbrev-names (mapcar
 231                           (lambda (row)
 232                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 233                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 234            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 235            (bstring (or
 236                      (cdr (assoc journal full-names))
 237                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 238       (when bstring
 239         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 240         (bibtex-fill-entry)))))
 241
 242 (defun jmax-helm-set-journal-string ()
 243   "Helm interface to set a journal string."
 244   (interactive)
 245   (bibtex-set-field
 246    "journal"
 247    (helm :sources `((name . "journal")
 248                     (candidates . ,(mapcar
 249                                     (lambda (x)
 250                                       (cons (format "%s | %s"  (nth 1 x) (nth 2 x))
 251                                             (car x)))
 252                                     jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 253                     (action . (lambda (x) (identity x))))
 254          :input (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 255    t)
 256   (bibtex-fill-entry)
 257   (bibtex-clean-entry))
 258
 259
 260 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 261   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 262 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 263   (interactive (list
 264                 (ido-completing-read
 265                  "Journal: "
 266                  (mapcar
 267                   (lambda (x)
 268                     (nth 1 x))
 269                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 270   ;; construct data alist for the string lookup.
 271   (let ((alist (mapcar
 272                 (lambda (x)
 273                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 274                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 275     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 276     (bibtex-fill-entry)
 277     (bibtex-clean-entry)))
 278
 279 ;; * Non-ascii character replacement
 280 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 281 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 282   '()
 283   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 284
 285 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 286       '(("í" . "{\\\\'i}")
 287         ("æ" . "{\\\\ae}")
 288         ("ć" . "{\\\\'c}")
 289         ("é" . "{\\\\'e}")
 290         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 291         ("è" . "{\\\\`e}")
 292         ("à" . "{\\\\`a}")
 293         ("á" . "{\\\\'a}")
 294         ("ø" . "{\\\\o}")
 295         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 296         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 297         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 298         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 299         ("å" . "{\\\\aa}")
 300         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 301         ("Á" . "{\\\\'A}")
 302         ("á" . "{\\\\'a}")
 303         ("í" . "{\\\\'i}")
 304         ("ó" . "{\\\\'o}")
 305         ("ó" . "{\\\\'o}")
 306         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 307         ("ú" . "{\\\\'u}")
 308         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 309         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 310         ("İ" . "{\\\\.I}")
 311         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 312         ("δ" . "$\\\\delta$")
 313         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 314         ("ß" . "{\\\\ss}")
 315         ("≤" . "$\\\\le$")
 316         ("<" . "$\\\\lt$")
 317         ("θ" . "$\\\\theta$")
 318         ("μ" . "$\\\\mu$")
 319         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 320         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 321         ("×" . "$\\\\times$")
 322         ("°" . "$\\\\deg$")
 323         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 324         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 325         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 326         (" " . " ")
 327         (" " . " ")
 328         ("–" . "-")
 329         ("−" . "-")
 330         ("–" . "-")
 331         ("—" . "-")
 332         ("‘" . "'")
 333         ("’" . "'")
 334         ("’" . "'")
 335         ("“" . "\"")
 336         ("’" . "'")
 337         ("”" . "\"")))
 338
 339 (defun jmax-replace-nonascii ()
 340   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 341
 342   (interactive)
 343   (save-restriction
 344     (bibtex-narrow-to-entry)
 345     (goto-char (point-min))
 346     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 347       (while (re-search-forward char nil t)
 348         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 349       (goto-char (point-min))))
 350   (save-buffer))
 351
 352 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 353
 354 ;; * Title case transformations
 355 (defvar jmax-lower-case-words
 356   '("a" "an" "on" "and" "for"
 357     "the" "of" "in")
 358   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 359
 360
 361 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 362   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 363 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 364 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 365 all the title entries in articles."
 366   (interactive)
 367   (bibtex-beginning-of-entry)
 368
 369   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 370          (words (split-string title))
 371          (start 0))
 372     (when
 373         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 374       (setq words (mapcar
 375                    (lambda (word)
 376                      (if (or
 377                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 378                           ;; LaTeX or protected words
 379                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 380                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 381                           ;; are the first word
 382                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 383                          word
 384                        (s-capitalize word)))
 385                    words))
 386
 387       ;; Check if first word should be capitalized
 388       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 389         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 390
 391       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 392
 393       ;; Capitalize letters after a dash
 394       (while
 395           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 396         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 397           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 398                 (format "%s" (upcase char)))
 399           (setq start (match-end 1))))
 400
 401       ;; this is defined in doi-utils
 402       (bibtex-set-field
 403        "title"
 404        title)
 405       (bibtex-fill-entry))))
 406
 407 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 408
 409
 410 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 411   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 412 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 413 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 414 all the title entries in articles."
 415   (interactive)
 416   (bibtex-beginning-of-entry)
 417
 418   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 419          (words (split-string title))
 420          (start 0))
 421     (when
 422         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 423       (setq words (mapcar
 424                    (lambda (word)
 425                      (if
 426                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 427                          ;; LaTeX or protected words
 428                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 429                          word
 430                        (s-downcase word)))
 431                    words))
 432
 433       ;; capitalize first word
 434       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 435
 436       ;; join the words
 437       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 438
 439       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 440       (while
 441           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 442         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 443           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 444 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 445                 (format "%s" (upcase char)))
 446           (setq start (match-end 1))))
 447
 448       ;; this is defined in doi-utils
 449       (bibtex-set-field
 450        "title" title)
 451
 452       ;; clean and refill entry so it looks nice
 453       (bibtex-clean-entry)
 454       (bibtex-fill-entry))))
 455
 456 ;; * Navigation in bibtex file
 457 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 458   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 459 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 460 forward.  Negative numbers do nothing."
 461   (interactive "P")
 462   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 463   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 464   (when (= (point) (save-excursion
 465                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 466     (forward-char)
 467     (jmax-bibtex-next-entry))
 468
 469   ;; search forward for an entry
 470   (when
 471       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 472     ;; go to beginning of the entry
 473     (bibtex-beginning-of-entry)))
 474
 475
 476 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 477   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 478 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 479   (interactive "P")
 480   (bibtex-beginning-of-entry)
 481  (when
 482      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 483    (bibtex-beginning-of-entry)))
 484
 485
 486 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 487   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 488   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 489   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 490
 491 ;; add to bibtex-mode-hook
 492 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 493
 494 ;; * Functions to act on an entry with a doi
 495 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 496   "Get doi from entry at point."
 497   (interactive)
 498   (save-excursion
 499     (bibtex-beginning-of-entry)
 500     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 501
 502
 503 (defun jmax-bibtex-wos ()
 504   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 505   (interactive)
 506   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 507
 508
 509 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 510   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 511   (interactive)
 512   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 513
 514
 515 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 516   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 517   (interactive)
 518   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 519
 520
 521 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 522   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 523   (interactive)
 524   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 525
 526
 527 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 528   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 529   (interactive)
 530   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 531
 532
 533 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 534   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 535   (interactive)
 536   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 537
 538
 539 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 540   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 541   (interactive)
 542   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 543
 544
 545 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 546   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 547 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 548 functions with a DOI argument."
 549   (interactive)
 550   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 551
 552
 553 ;; * Hydra menus
 554 ;; ** Hydra menu for bibtex entries
 555 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 556 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 557    "
 558 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 559 _b_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 560 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _a_: WOS related
 561 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 562 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 563 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 564 _u_: Update field _F_: file funcs
 565 _T_: Title case
 566 _S_: Sentence case
 567 "
 568    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 569    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 570    ("w" jmax-bibtex-wos)
 571    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 572    ("a" jmax-bibtex-wos-related)
 573    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 574    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 575    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 576    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 577    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 578    ("d" bibtex-kill-entry)
 579    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 580    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 581    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 582    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 583    ("K" (lambda ()
 584           (interactive)
 585           (org-ref-set-bibtex-keywords
 586            (read-string "Keywords: "
 587                         (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 588            t)))
 589    ("b" org-ref-open-in-browser)
 590    ("r" (lambda () (interactive)
 591           (bibtex-beginning-of-entry)
 592           (bibtex-kill-entry)
 593           (find-file (ido-completing-read
 594                       "Bibtex file: "
 595                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 596           (goto-char (point-max))
 597           (bibtex-yank)
 598           (save-buffer)
 599           (kill-buffer)))
 600    ("e" email-bibtex-entry)
 601    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 602    ("u" doi-utils-update-field)
 603    ("F" jmax-bibtex-file/body)
 604    ("h" helm-bibtex)
 605    ("a" jmax-replace-nonascii)
 606    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 607    ("T" jmax-title-case-article)
 608    ("S" jmax-sentence-case-article)
 609    ("q" nil))
 610
 611 ;; create key-chord and key binding for hydra
 612 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 613   (key-chord-define-global
 614    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 615    'jmax-bibtex-hydra/body))
 616
 617
 618 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 619   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 620
 621 ;; ** Hydra menu for new bibtex entries
 622 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 623 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 624   "New Bibtex entry:"
 625   ("a" bibtex-Article "Article")
 626   ("b" bibtex-Book "Book")
 627   ("i" bibtex-InBook "In book")
 628   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 629   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 630   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 631   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 632   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 633   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 634   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 635   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 636   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 637   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 638   ("q" nil "quit"))
 639
 640
 641 ;; ** Hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 642 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 643   "Bibtex file functions: "
 644   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 645   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 646   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 647   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 648   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 649
 650
 651 ;; * DEPRECATED bibtex menu
 652 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 653  "Functions to run in doi menu.
 654 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 655 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 656 I prefer the hydra interfaces above.")
 657
 658 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 659       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 660         ("C" "opy" (lambda (doi)
 661                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 662                      (bury-buffer)))
 663         ("w" "os" doi-utils-wos)
 664         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 665         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 666         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 667         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 668         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 669
 670 (defun jmax-bibtex ()
 671   "Menu command to run in a bibtex entry.
 672 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 673 entry having a doi."
 674
 675   (interactive)
 676   ;; construct menu string as a message
 677   (message
 678    (concat
 679     (mapconcat
 680      (lambda (tup)
 681        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 682                (elt tup 1) " "))
 683      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 684   (let* ((input (read-char-exclusive))
 685          (choice (assoc
 686                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 687     (when choice
 688       (funcall
 689        (elt
 690         choice
 691         2)
 692        (jmax-bibtex-entry-doi)
 693        ))))
 694
 695 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 696
 697 ;; * The end
 698 (provide 'jmax-bibtex)
 699
 700 ;;; jmax-bibtex.el ends here