jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;;; Commentary:
   4 ;; Requires: s.el, dash.el, org-ref.el, doi-utils.el, key-chord.el
   5 ;;
   6 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
   7 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
   8 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
   9 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the journal with a string
  10 ;;
  11 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex entry
  12 ;;
  13 ;; jmax-title-case-article
  14 ;; jmax-sentence-case-article
  15 ;;
  16 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  17 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  18 ;;
  19 ;; Functions to act on an entry
  20 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  21 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  22
  23 (require 'hydra)
  24 (require 'key-chord)
  25
  26 ;;; Code:
  27 (defgroup jmax-bibtex nil
  28   "Customization group for jmax-bibtex.")
  29
  30
  31 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  32   nil
  33   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  34 I like \"jj\""
  35   :type 'string
  36   :group 'jmax-bibtex)
  37
  38
  39 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  40   nil
  41   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  42 I like \C-cj."
  43   :type 'string
  44   :group 'jmax-bibtex)
  45
  46
  47 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  48   '(("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  49     ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  50     ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  51     ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  52     ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition" "Angew. Chem. Int. Edit.")
  53     ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  54     ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  55     ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  56     ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
  57     ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
  58     ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
  59     ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
  60     ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
  61     ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
  62     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  63     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  64     ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
  65     ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects" "Colloids Surf., A")
  66     ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
  67     ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
  68     ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
  69     ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
  70     ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
  71     ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
  72     ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
  73     ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
  74     ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research" "Ind. Eng. Chem. Res.")
  75     ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
  76     ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
  77     ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
  78     ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
  79     ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
  80     ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
  81     ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
  82     ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
  83     ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
  84     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
  85     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
  86     ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
  87     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
  88     ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
  89     ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids" "J. Phys. Chem. Solids")
  90     ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter" "J. Phys.: Condens. Matter")
  91     ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
  92     ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
  93     ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
  94     ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
  95     ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
  96     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
  97     ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A" "J. Vac. Sci. Technol. A")
  98     ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
  99     ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 100     ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 101     ("Nature" "Nature" "Nature")
 102     ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 103     ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 104     ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 105     ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 106     ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 107     ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 108     ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 109     ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 110     ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 111     ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 112     ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 113     ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 114     ("Science" "Science" "Science")
 115     ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 116     ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 117     ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 118     ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 119     ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 120     ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 121     ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters" "J. Phys. Chem. Lett.")
 122     ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 123     ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering" "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 124     ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 125     ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 126     ("WR" "Water Research" "Water Res."))
 127   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
 128
 129
 130 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 131   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 132 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 133   (interactive)
 134   (with-temp-file "longtitles.bib"
 135     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 136       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 137                       (nth 0 row)
 138                       (nth 1 row))))))
 139
 140
 141 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 142     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 143 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 144   (interactive)
 145   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 146     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 147       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 148                       (nth 0 row)
 149                       (nth 2 row))))))
 150
 151
 152 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 153   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 154 The strings are defined in
 155 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 156 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 157   (interactive)
 158   (bibtex-beginning-of-entry)
 159   (when
 160       (string= "article"
 161                (downcase
 162                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 163     (let* ((full-names (mapcar
 164                         (lambda (row)
 165                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 166                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 167            (abbrev-names (mapcar
 168                           (lambda (row)
 169                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 170                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 171            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 172            (bstring (or
 173                      (cdr (assoc journal full-names))
 174                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 175       (when bstring
 176         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 177         (bibtex-fill-entry)))))
 178
 179 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 180   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 181 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 182   (interactive (list
 183                 (ido-completing-read
 184                  "Journal: "
 185                  (mapcar
 186                   (lambda (x)
 187                     (nth 1 x))
 188                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 189   ;; construct data alist for the string lookup.
 190   (let ((alist (mapcar
 191                 (lambda (x)
 192                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 193                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 194     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 195     (bibtex-fill-entry)
 196     (bibtex-clean-entry)))
 197
 198 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 199 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 200   '()
 201   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 202
 203 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 204       '(("í" . "{\\\\'i}")
 205         ("æ" . "{\\\\ae}")
 206         ("ć" . "{\\\\'c}")
 207         ("é" . "{\\\\'e}")
 208         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 209         ("è" . "{\\\\`e}")
 210         ("à" . "{\\\\`a}")
 211         ("á" . "{\\\\'a}")
 212         ("ø" . "{\\\\o}")
 213         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 214         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 215         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 216         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 217         ("å" . "{\\\\aa}")
 218         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 219         ("Á" . "{\\\\'A}")
 220         ("á" . "{\\\\'a}")
 221         ("í" . "{\\\\'i}")
 222         ("ó" . "{\\\\'o}")
 223         ("ó" . "{\\\\'o}")
 224         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 225         ("ú" . "{\\\\'u}")
 226         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 227         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 228         ("İ" . "{\\\\.I}")
 229         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 230         ("δ" . "$\\\\delta$")
 231         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 232         ("ß" . "{\\\\ss}")
 233         ("≤" . "$\\\\le$")
 234         ("<" . "$\\\\lt$")
 235         ("θ" . "$\\\\theta$")
 236         ("μ" . "$\\\\mu$")
 237         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 238         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 239         ("×" . "$\\\\times$")
 240         ("°" . "$\\\\deg$")
 241         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 242         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 243         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 244         (" " . " ")
 245         (" " . " ")
 246         ("–" . "-")
 247         ("−" . "-")
 248         ("–" . "-")
 249         ("—" . "-")
 250         ("‘" . "'")
 251         ("’" . "'")
 252         ("“" . "\"")
 253         ("’" . "'")
 254         ("”" . "\"")))
 255
 256 (defun jmax-replace-nonascii ()
 257   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 258
 259   (interactive)
 260   (save-restriction
 261     (bibtex-narrow-to-entry)
 262     (goto-char (point-min))
 263     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 264       (while (re-search-forward char nil t)
 265         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 266       (goto-char (point-min))))
 267   (save-buffer))
 268
 269 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 270
 271
 272 (defvar jmax-lower-case-words
 273   '("a" "an" "on" "and" "for"
 274     "the" "of" "in")
 275   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 276
 277
 278 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 279   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 280 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 281 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 282 all the title entries in articles."
 283   (interactive)
 284   (bibtex-beginning-of-entry)
 285
 286   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 287          (words (split-string title))
 288          (start 0))
 289     (when
 290         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 291       (setq words (mapcar
 292                    (lambda (word)
 293                      (if (or
 294                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 295                           ;; LaTeX or protected words
 296                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 297                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 298                           ;; are the first word
 299                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 300                          word
 301                        (s-capitalize word)))
 302                    words))
 303
 304       ;; Check if first word should be capitalized
 305       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 306         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 307
 308       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 309
 310       ;; Capitalize letters after a dash
 311       (while
 312           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 313         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 314           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 315                 (format "%s" (upcase char)))
 316           (setq start (match-end 1))))
 317
 318       ;; this is defined in doi-utils
 319       (bibtex-set-field
 320        "title"
 321        title)
 322       (bibtex-fill-entry))))
 323
 324 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 325
 326
 327 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 328   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 329 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 330 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 331 all the title entries in articles."
 332   (interactive)
 333   (bibtex-beginning-of-entry)
 334
 335   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 336          (words (split-string title))
 337          (start 0))
 338     (when
 339         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 340       (setq words (mapcar
 341                    (lambda (word)
 342                      (if
 343                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 344                          ;; LaTeX or protected words
 345                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 346                          word
 347                        (s-downcase word)))
 348                    words))
 349
 350       ;; capitalize first word
 351       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 352
 353       ;; join the words
 354       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 355
 356       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 357       (while
 358           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 359         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 360           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 361 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 362                 (format "%s" (upcase char)))
 363           (setq start (match-end 1))))
 364
 365       ;; this is defined in doi-utils
 366       (bibtex-set-field
 367        "title" title)
 368
 369       ;; clean and refill entry so it looks nice
 370       (bibtex-clean-entry)
 371       (bibtex-fill-entry))))
 372
 373
 374
 375
 376 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 377   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 378 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 379 forward.  Negative numbers do nothing."
 380   (interactive "P")
 381   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 382   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 383   (when (= (point) (save-excursion
 384                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 385     (forward-char)
 386     (jmax-bibtex-next-entry))
 387
 388   ;; search forward for an entry
 389   (when
 390       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 391     ;; go to beginning of the entry
 392     (bibtex-beginning-of-entry)))
 393
 394
 395 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 396   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 397 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 398   (interactive "P")
 399   (bibtex-beginning-of-entry)
 400  (when
 401      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 402    (bibtex-beginning-of-entry)))
 403
 404
 405 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 406   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 407   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 408   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 409
 410 ;; add to bibtex-mode-hook
 411 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 412
 413
 414 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 415   "Get doi from entry at point."
 416   (interactive)
 417   (save-excursion
 418     (bibtex-beginning-of-entry)
 419     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 420
 421
 422 (defun jmax-bibtex-wos ()
 423   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 424   (interactive)
 425   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 426
 427
 428 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 429   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 430   (interactive)
 431   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 432
 433
 434 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 435   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 436   (interactive)
 437   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 438
 439
 440 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 441   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 442   (interactive)
 443   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 444
 445
 446 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 447   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 448   (interactive)
 449   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 450
 451
 452 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 453   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 454   (interactive)
 455   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 456
 457
 458 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 459   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 460   (interactive)
 461   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 462
 463
 464 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 465   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 466 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 467 functions with a DOI argument."
 468   (interactive)
 469   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 470
 471
 472 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 473 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 474    "
 475 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 476 _u_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 477 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _r_: WOS related
 478 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 479 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 480 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 481 _f_: file funcs
 482 "
 483    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 484    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 485    ("w" jmax-bibtex-wos)
 486    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 487    ("r" jmax-bibtex-wos-related)
 488    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 489    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 490    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 491    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 492    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 493    ("d" bibtex-kill-entry)
 494    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 495    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 496    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 497    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 498    ("K" (lambda ()
 499           (interactive)
 500           (org-ref-set-bibtex-keywords
 501            (read-input "Keywords: "
 502                        (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 503            t)))
 504    ("u" org-ref-open-in-browser)
 505    ("r" (lambda () (interactive)
 506           (bibtex-beginning-of-entry)
 507           (bibtex-kill-entry)
 508           (find-file (ido-completing-read
 509                       "Bibtex file: "
 510                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 511           (goto-char (point-max))
 512           (bibtex-yank)
 513           (save-buffer)
 514           (kill-buffer)))
 515    ("e" email-bibtex-entry)
 516    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 517    ("f" jmax-bibtex-file/body)
 518    ("h" helm-bibtex)
 519    ("a" jmax-replace-nonascii)
 520    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 521    ("q" nil))
 522
 523 ;; create key-chord and key binding for hydra
 524 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 525   (key-chord-define-global
 526    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 527    'jmax-bibtex-hydra/body))
 528
 529
 530 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 531   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 532
 533
 534 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 535 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 536   "New Bibtex entry:"
 537   ("a" bibtex-Article "Article")
 538   ("b" bibtex-Book "Book")
 539   ("i" bibtex-InBook "In book")
 540   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 541   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 542   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 543   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 544   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 545   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 546   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 547   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 548   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 549   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 550   ("q" nil "quit"))
 551
 552 ;; a hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 553 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 554   "Bibtex file functions: "
 555   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 556   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 557   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 558   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 559   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 560
 561
 562 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 563  "Functions to run in doi menu.
 564 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 565 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 566 I prefer the hydra interfaces above.")
 567
 568 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 569       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 570         ("C" "opy" (lambda (doi)
 571                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 572                      (bury-buffer)))
 573         ("w" "os" doi-utils-wos)
 574         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 575         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 576         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 577         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 578         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 579
 580 (defun jmax-bibtex ()
 581   "Menu command to run in a bibtex entry.
 582 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 583 entry having a doi."
 584
 585   (interactive)
 586   ;; construct menu string as a message
 587   (message
 588    (concat
 589     (mapconcat
 590      (lambda (tup)
 591        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 592                (elt tup 1) " "))
 593      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 594   (let* ((input (read-char-exclusive))
 595          (choice (assoc
 596                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 597     (when choice
 598       (funcall
 599        (elt
 600         choice
 601         2)
 602        (jmax-bibtex-entry-doi)
 603        ))))
 604
 605 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 606
 607 (provide 'jmax-bibtex)
 608
 609 ;;; jmax-bibtex.el ends here