git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree

-rw-r--r--	3119	Mothur.1	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	Mothur.xcodeproj	tree \| history
-rw-r--r--	4055	ace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	ace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14345	aligncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	981	aligncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6435	alignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1308	alignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	733	alignmentcell.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	781	alignmentcell.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1402	averagelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13749	bellerophon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1080	bellerophon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	670	bergerparker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	712	bergerparker.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11438	binsequencecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1016	binsequencecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5889	blastalign.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	886	blastalign.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3687	blastdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	585	blastdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1725	boneh.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	739	boneh.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	879	bootstrap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	bootstrap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16195	bootstrapsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1515	bootstrapsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2082	bstick.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	772	bstick.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35868	calculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9127	calculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	51623	ccode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4628	ccode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2227	chao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	661	chao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12542	chimera.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2682	chimera.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15512	chimeracheckrdp.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1430	chimeracheckrdp.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10672	chimeraseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	811	chimeraseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6490	cluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1822	cluster.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8213	clustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1584	clustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7307	collect.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1049	collect.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11858	collectcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2095	collectcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2682	collectdisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1958	collectorscurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13300	collectsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2283	collectsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	427	command.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9595	commandfactory.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	511	commandfactory.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1872	commandoptionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	510	commandoptionparser.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	930	completelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13179	consensuscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1939	consensuscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	554	coverage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	679	coverage.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2706	database.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	641	database.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1390	datavector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19665	decalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2570	decalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3245	deconvolutecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	687	deconvolutecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	673	display.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	604	dist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10265	distancecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	929	distancecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1855	distancedb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	497	distancedb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1857	dlibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	483	dlibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1194	eachgapdist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1133	eachgapignore.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	725	efron.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	efron.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6718	engine.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1162	engine.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4884	fastamap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1641	fastamap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10608	fileoutput.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3445	fileoutput.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2140	filters.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6016	filterseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	601	filterseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6278	fullmatrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1162	fullmatrix.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2163	geom.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	778	geom.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3293	getgroupcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	526	getgroupcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2370	getlabelcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	481	getlabelcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2364	getlinecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	457	getlinecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14248	getoturepcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1686	getoturepcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7300	getrabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	760	getrabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6873	getsabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	761	getsabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10599	getseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	596	getseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5488	globaldata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2226	globaldata.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	731	goodscoverage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	719	goodscoverage.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3763	gotohoverlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1411	gotohoverlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2212	groupmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	940	groupmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10322	heatmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	802	heatmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10816	heatmapcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	884	heatmapcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4808	heatmapsim.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	717	heatmapsim.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9833	heatmapsimcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	990	heatmapsimcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1316	helpcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	501	helpcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1242	ignoregaps.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15866	inputdata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1334	inputdata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3318	jackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	jackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6169	kmer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	710	kmer.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6464	kmerdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1182	kmerdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3462	libshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	891	libshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14117	libshuffcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	946	libshuffcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6682	listseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	586	listseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5674	listvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1388	listvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5669	logsd.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	724	logsd.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1479	mallard.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11952	matrixoutputcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1446	matrixoutputcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3184	mergefilecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	481	mergefilecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2453	mothur.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18424	mothur.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1909	nameassignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	325	nameassignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15180	nast.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1292	nast.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3722	nastreport.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1131	nastreport.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3946	needlemanoverlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1305	needlemanoverlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	721	noalign.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	529	noalign.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	942	nocommands.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	444	nocommands.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1075	npshannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	npshannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	641	nseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	415	observable.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1747	onegapdist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1702	onegapignore.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1013	optionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	536	optionparser.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4852	ordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1772	ordervector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2842	overlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1241	overlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3596	parsimony.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	758	parsimony.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13693	parsimonycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2252	parsimonycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	30105	pintail.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3081	pintail.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2266	progress.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	238	progress.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1773	qstat.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	688	qstat.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1417	quitcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	511	quitcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7000	rabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1592	rabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1241	rarecalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	761	rarecalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2870	raredisplay.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	816	raredisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3656	rarefact.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	804	rarefact.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10189	rarefactcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2329	rarefactcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1756	rarefactioncurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9953	rarefactsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2035	rarefactsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3844	readcolumn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	529	readcolumn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8141	readdistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1292	readdistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	825	readmatrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3302	readotu.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	readotu.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7540	readotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2187	readotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8921	readphylip.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	529	readphylip.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10241	readtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1319	readtree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4601	readtreecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	558	readtreecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10659	removeseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	614	removeseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2938	reversecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	427	reversecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5362	sabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1556	sabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11405	screenseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	650	screenseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6119	seqsummarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	434	seqsummarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7466	sequence.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1475	sequence.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4161	sequencedb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1266	sequencedb.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1412	shannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	shannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3804	sharedace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	sharedace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	630	sharedanderberg.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1187	sharedanderbergs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	603	sharedanderbergs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1432	sharedbraycurtis.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	606	sharedbraycurtis.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7386	sharedchao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1359	sharedchao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5398	sharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1131	sharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	sharedjabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	703	sharedjabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3872	sharedjackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1000	sharedjackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1203	sharedjclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	690	sharedjclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1465	sharedjest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	677	sharedjest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1681	sharedkstest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	671	sharedkstest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1175	sharedkulczynski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	605	sharedkulczynski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1203	sharedkulczynskicody.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	631	sharedkulczynskicody.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1273	sharedlennon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	583	sharedlennon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10659	sharedlistvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2265	sharedlistvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	992	sharedmarczewski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	631	sharedmarczewski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1534	sharedmorisitahorn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	599	sharedmorisitahorn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	sharednseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1160	sharedochiai.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	582	sharedochiai.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8394	sharedordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2600	sharedordervector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12573	sharedrabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2411	sharedrabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6090	sharedsabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1713	sharedsabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	983	sharedsobs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	734	sharedsobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1065	sharedsobscollectsummary.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	714	sharedsobscollectsummary.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	779	sharedsorabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	716	sharedsorabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1208	sharedsorclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	704	sharedsorclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1467	sharedsorest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedsorest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1649	sharedthetan.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedthetan.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1364	sharedthetayc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	699	sharedthetayc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10229	sharedutilities.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1376	sharedutilities.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	771	shen.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	723	shen.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1552	simpson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	675	simpson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3073	singlelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2167	slibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	428	slibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	737	sobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	681	solow.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	solow.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4693	sparsematrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1121	sparsematrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2789	suffixdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1144	suffixdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4541	suffixnodes.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2840	suffixnodes.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10600	suffixtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2112	suffixtree.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11334	summarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1970	summarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	907	summarydata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	717	summarydisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14878	summarysharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2329	summarysharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1668	systemcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	420	systemcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19415	tree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2031	tree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	841	treecalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19202	treegroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2045	treegroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5255	treemap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1526	treemap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3223	treenode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1676	treenode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17611	trimseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1035	trimseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8983	unifracunweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1821	unifracunweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11284	unifracweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2129	unifracweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13567	unweighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	688	unweighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2817	uvest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	619	uvest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18153	validcalculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1442	validcalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7909	validparameter.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	923	validparameter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	39257	venn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	729	venn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13330	venncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	951	venncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6040	weighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	775	weighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	772	whittaker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	whittaker.h	blob \| history \| raw