git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree

-rw-r--r--	3039	Mothur.1	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	Mothur.xcodeproj	tree \| history
-rw-r--r--	4083	ace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	ace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	36644	aligncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1573	aligncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6481	alignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1323	alignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	733	alignmentcell.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	803	alignmentcell.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6360	alignmentdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	944	alignmentdb.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1435	averagelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18715	bayesian.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1174	bayesian.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	25630	bellerophon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1828	bellerophon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	673	bergerparker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	712	bergerparker.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15302	binsequencecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1256	binsequencecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5904	blastalign.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	886	blastalign.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7405	blastdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	689	blastdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1728	boneh.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	739	boneh.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	888	bootstrap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	bootstrap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19785	bootstrapsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1742	bootstrapsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2170	bstick.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	772	bstick.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3741	calculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9457	calculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	984	canberra.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	572	canberra.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21600	catchallcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1262	catchallcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35957	ccode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4201	ccode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2230	chao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	661	chao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16236	chimera.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3622	chimera.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11918	chimerabellerophoncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1040	chimerabellerophoncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	25002	chimeraccodecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1459	chimeraccodecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	23558	chimeracheckcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1491	chimeracheckcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15814	chimeracheckrdp.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1387	chimeracheckrdp.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	29864	chimerapintailcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1504	chimerapintailcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4500	chimerarealigner.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	731	chimerarealigner.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2210	chimeraseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	827	chimeraseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	24668	chimeraslayer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1834	chimeraslayer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	34700	chimeraslayercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1665	chimeraslayercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11536	chopseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	813	chopseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8699	classify.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1378	classify.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	22153	classifyotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1251	classifyotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	37661	classifyseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2173	classifyseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	50917	clearcut.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7544	clearcut.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14373	clearcutcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1222	clearcutcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10460	cluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2459	cluster.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13418	clusterclassic.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1268	clusterclassic.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12372	clustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1877	clustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11069	clusterdoturcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1125	clusterdoturcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12308	clusterfragmentscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1572	clusterfragmentscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	41868	clustersplitcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1598	clustersplitcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14919	cmdargs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3010	cmdargs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8733	collect.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1150	collect.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	24529	collectcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2323	collectcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2956	collectdisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2230	collectorscurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	27962	collectsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1356	collectsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	910	command.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	40406	commandfactory.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1445	commandfactory.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1922	commandoptionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	548	commandoptionparser.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3086	common.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	958	completelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15655	consensuscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2217	consensuscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	25870	consensusseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1055	consensusseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	34251	corraxescommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1671	corraxescommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	557	coverage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	679	coverage.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	990	database.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2074	database.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1485	datavector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4216	dayhoff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	29118	decalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2858	decalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6919	deconvolutecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	976	deconvolutecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8722	degapseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	724	degapseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8991	deuniqueseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	835	deuniqueseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	989	display.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	650	dist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	38000	distancecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1578	distancecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3312	distancedb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	798	distancedb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14432	distclearcut.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3157	distclearcut.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2034	dlibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	483	dlibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18325	dmat.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2657	dmat.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1195	eachgapdist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1533	eachgapignore.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	728	efron.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	efron.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4652	endiannessmacros.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15904	engine.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1452	engine.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16342	fasta.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2565	fasta.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5780	fastamap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1709	fastamap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10939	fileoutput.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3448	fileoutput.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2326	filters.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	34799	filterseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1657	filterseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	55657	fisher2.c	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	442	fisher2.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4881	flowdata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	742	flowdata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5748	formatcolumn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	527	formatcolumn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2105	formatmatrix.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6396	formatphylip.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	524	formatphylip.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6985	fullmatrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1391	fullmatrix.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2175	geom.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	778	geom.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6327	getgroupcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	804	getgroupcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20280	getgroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	960	getgroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3517	getlabelcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	760	getlabelcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	26776	getlineagecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1005	getlineagecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11697	getlistcountcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1125	getlistcountcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	56675	getopt_long.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1727	getopt_long.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	36553	getoturepcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2377	getoturepcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15020	getotuscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	921	getotuscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9719	getrabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	992	getrabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13779	getrelabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1125	getrelabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9239	getsabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	993	getsabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	27584	getseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1009	getseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18584	getsharedotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1400	getsharedotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5903	globaldata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2474	globaldata.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	734	goodscoverage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	719	goodscoverage.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3769	gotohoverlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1411	gotohoverlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1420	gower.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	638	gower.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4793	groupmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1359	groupmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	932	hamming.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	566	hamming.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	25191	hcluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1811	hcluster.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15537	hclustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2128	hclustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	24582	heatmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2208	heatmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19174	heatmapcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1179	heatmapcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7865	heatmapsim.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	heatmapsim.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20009	heatmapsimcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1302	heatmapsimcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	761	heip.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	531	heip.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1121	hellinger.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	578	hellinger.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2171	helpcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	779	helpcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1351	ignoregaps.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	32989	indicatorcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1442	indicatorcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19022	inputdata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1662	inputdata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	821	invsimpson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	569	invsimpson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3327	jackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	jackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6169	kmer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	710	kmer.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7379	kmerdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1455	kmerdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4575	knn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	690	knn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3610	libshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	906	libshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20041	libshuffcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1217	libshuffcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13986	listseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	914	listseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5725	listvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1388	listvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5755	logsd.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	724	logsd.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2096	makefile	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8959	makegroupcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	774	makegroupcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18950	maligner.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2151	maligner.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	788	manhattan.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	576	manhattan.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15893	matrixoutputcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1674	matrixoutputcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1311	memchi2.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	650	memchi2.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1214	memchord.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	573	memchord.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	846	memeuclidean.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	596	memeuclidean.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1717	mempearson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	585	mempearson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6383	mergefilecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	744	mergefilecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1028	metastats.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11351	metastats2.c	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19512	metastatscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1391	metastatscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	25507	mgclustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1535	mgclustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6429	mothur.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5252	mothur.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	44563	mothurout.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3082	mothurout.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3196	nameassignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	439	nameassignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17168	nast.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1342	nast.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6823	nastreport.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1220	nastreport.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3964	needlemanoverlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1305	needlemanoverlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	721	noalign.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	529	noalign.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1890	nocommands.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	718	nocommands.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14524	normalizesharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1159	normalizesharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1081	npshannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	npshannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1153	nseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	415	observable.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	839	odum.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	548	odum.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1746	onegapdist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1989	onegapignore.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1054	optionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	574	optionparser.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5030	ordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1787	ordervector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12691	otuhierarchycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1086	otuhierarchycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2843	overlap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1241	overlap.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	32545	pairwiseseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1519	pairwiseseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9048	parsefastaqcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	747	parsefastaqcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13084	parselistscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1177	parselistscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6397	parsimony.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1014	parsimony.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19310	parsimonycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2537	parsimonycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20853	pcoacommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1651	pcoacommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2166	phylodiversity.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	739	phylodiversity.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	23381	phylodiversitycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1473	phylodiversitycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13655	phylosummary.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1533	phylosummary.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17618	phylotree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2482	phylotree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12614	phylotypecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1130	phylotypecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21926	pintail.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3167	pintail.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35268	pipelinepdscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1274	pipelinepdscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13735	preclustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1731	preclustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6444	prng.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2523	prng.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2384	progress.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	276	progress.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1782	qstat.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	688	qstat.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9616	qualityscores.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1157	qualityscores.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2256	quitcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	787	quitcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7193	rabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1607	rabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1244	rarecalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	808	rarecalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4002	raredisplay.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	879	raredisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6717	rarefact.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1025	rarefact.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21006	rarefactcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1263	rarefactcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1756	rarefactioncurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13720	rarefactsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1206	rarefactsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12707	readblast.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1547	readblast.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5559	readcluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	870	readcluster.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4519	readcolumn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	530	readcolumn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12708	readdistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1588	readdistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	889	readmatrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3403	readotu.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	834	readotu.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13284	readotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1069	readotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10137	readphylip.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	528	readphylip.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11526	readtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1338	readtree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10138	readtreecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	925	readtreecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20422	removegroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	980	removegroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	27050	removelineagecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1026	removelineagecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15249	removeotuscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	943	removeotuscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	24265	removeseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	995	removeseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1660	reportfile.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1729	reportfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6174	reversecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	699	reversecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5547	sabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1571	sabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	40536	screenseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1730	screenseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10693	secondarystructurecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1373	secondarystructurecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15683	sensspeccommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1012	sensspeccommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	28944	seqerrorcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1737	seqerrorcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21753	seqsummarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1373	seqsummarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15869	sequence.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1912	sequence.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4268	sequencedb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1281	sequencedb.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9062	setdircommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	923	setdircommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4242	setlogfilecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	885	setlogfilecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	38437	sffinfocommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3157	sffinfocommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1415	shannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	shannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	810	shannoneven.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	573	shannoneven.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3810	sharedace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	sharedace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	630	sharedanderberg.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1193	sharedanderbergs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	603	sharedanderbergs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1438	sharedbraycurtis.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	606	sharedbraycurtis.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7513	sharedchao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1359	sharedchao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20266	sharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1602	sharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	822	sharedjabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	703	sharedjabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3875	sharedjackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1000	sharedjackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1209	sharedjclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	690	sharedjclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1468	sharedjest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	677	sharedjest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1684	sharedkstest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	671	sharedkstest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1182	sharedkulczynski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	605	sharedkulczynski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1209	sharedkulczynskicody.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	631	sharedkulczynskicody.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1279	sharedlennon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	583	sharedlennon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11875	sharedlistvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2265	sharedlistvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	995	sharedmarczewski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	631	sharedmarczewski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1492	sharedmorisitahorn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	599	sharedmorisitahorn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	sharednseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1166	sharedochiai.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	582	sharedochiai.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8593	sharedordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2914	sharedordervector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11683	sharedrabundfloatvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2316	sharedrabundfloatvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12912	sharedrabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2450	sharedrabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6232	sharedsabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1728	sharedsabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	989	sharedsobs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	734	sharedsobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1071	sharedsobscollectsummary.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	714	sharedsobscollectsummary.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	782	sharedsorabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	716	sharedsorabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1214	sharedsorclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	704	sharedsorclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1470	sharedsorest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedsorest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1656	sharedthetan.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedthetan.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2358	sharedthetayc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	699	sharedthetayc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10486	sharedutilities.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1443	sharedutilities.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	774	shen.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	723	shen.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	59403	shhhercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3003	shhhercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1583	simpson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	675	simpson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	682	simpsoneven.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	578	simpsoneven.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3119	singlelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16240	slayer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2363	slayer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2359	slibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	428	slibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	967	smithwilson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	573	smithwilson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	737	sobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	878	soergel.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	563	soergel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	684	solow.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	solow.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4756	sparsematrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1246	sparsematrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1106	spearman.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	570	spearman.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1028	speciesprofile.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	608	speciesprofile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35648	splitabundcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1893	splitabundcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12049	splitgroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1271	splitgroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	26295	splitmatrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1392	splitmatrix.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1394	structchi2.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	666	structchi2.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1216	structchord.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	591	structchord.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	851	structeuclidean.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	615	structeuclidean.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	929	structkulczynski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	621	structkulczynski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1540	structpearson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	603	structpearson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	46951	subsamplecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1535	subsamplecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3150	suffixdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1265	suffixdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4600	suffixnodes.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2878	suffixnodes.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12475	suffixtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2156	suffixtree.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	22860	summarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1259	summarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	28833	summarysharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1446	summarysharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2925	systemcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	704	systemcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4875	taxonomyequalizer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1381	taxonomyequalizer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	34276	tree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2502	tree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1088	treecalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	24139	treegroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2268	treegroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5721	treemap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1601	treemap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3389	treenode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1738	treenode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35158	trimflowscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2275	trimflowscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	51647	trimseqscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2338	trimseqscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17716	unifracunweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2232	unifracunweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	23241	unifracweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2755	unifracweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	16204	unweighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1129	unweighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2820	uvest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	688	uvest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20548	validcalculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1484	validcalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10313	validparameter.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1025	validparameter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	58460	venn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	800	venn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	23128	venncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1303	venncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12785	weighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1241	weighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1440	weightedlinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	775	whittaker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	whittaker.h	blob \| history \| raw