working on pam

Test new machine.

added Jensen-Shannon calc. working on get.communitytype command.  fixed bug in get.oturep command with count file. fixed bug in trim.flows that caused issue when you read back in scrap flow file.  added log transform parameter to trims.seqs command and allow non paired barcodes and primers to use reorient. fixed bug in lefse when kruskal returned nan.

added oligos, group, pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tdiffs to fastq.info so you can parse fastq files by sample.  added group file to sffinfo so you can parse by group. added parsing to sra command.

typo

added binary file operations to mothurout class. added comment to sequence class. permute parameter can equal 1, 2, 3, or 4 in venn command. fixed bug with sffinfo in windows with oligos file. fixed bug with summary.shared processors > 1 subsample=t, caused *ave.dist matrix values = 0. made make.biom picrust compliant. added binLabels to get.oturep command. added count file to deunique.seqs command. set.current was overwriting processors. fixed bug with pcr.seqs and aligned templates. added "group" column header to nods axes file. changed bayesian to wang in classify.seqs header. added warning about using count file with self reference in chimera.uchime.

added picrust and ref taxonomy parameters to make.biom

modifications to commands to add headers to list file.

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

adding labels to list file.

added fastq to list.seqs, get.seqs and remove.seqs. fixed bug where venn command overwrote sharedotus files. fixed bug with sff.multiple setting processors=1 for future commands. Not using file redirects in commands it runs.

added otulabels to heatmap.bin. made OTUlabels “smarter” so OTU01 and OTU001 are recognized as the same. fixed bug with chimera commands and count table with dereplicate=t. fixed compile issue with shhh.flows command in MPI version

changes while testing

Merge remote-tracking branch 'origin'

added lefse command. added check for hard filter length.  fixed bug in make.biom when multiple labels in shared file. added index file to make.contigs. fixed weird output in summary.seqs for mean values. added checks for edianness in sffinfo when oligos file is used. shhh.flows fix for reads longer than 1024. fixed bug in split.groups with count file. added several functions to linearalegra for lefse.

changing command name classify.shared to classifyrf.shared

adding misclassification output file

adding misclassification output file

adding misclassification output file

adding misclassification output file

adding pretty confusion matrix

adding pretty confusion matrix

adding code for confusion matrix

adding code for confusion matrix

adding code for confusion matrix

changed random forest output filename

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

random stuff

Merge remote-tracking branch 'origin'

changed name of get.metacommunity to get.communitytype. fixed bug in metastats command with low frequency OTUs. fisher[1] instead of fisher[i]. working on lefse command. fixed sffinfo index offset value when oligos file is used. changed default lookup file location.

Merge remote-tracking branch 'origin'

Qualscore gobbles

Update mgcluster to use dist=1 for missing distances when no cutoff is provided.

added adjust parameter to mgcluster. fixed bug in classify.otu with countable. fixed bug in otu.heirarchy with otulabels.  fixed bug with summary.seqs overflow when calculating the mean values.

asdf

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixed problem where order=B was not checking for the maximum homopolymer length

Merge remote-tracking branch 'origin'

added kruskal.wallis command. added worked on make.lefse. working of lefse command. fixed bug in trim.oligos when there was an exact match to paired primers or barcodes that overlapped causing the sequence to be shorter than the barcodes and primers.  added design map class. added kruskal wallis and wilcoxon functions to linear algebra class.

test change

mgcluster with count file needed to create a nameMap to pass to readBlast like the name file does

added make.lefse command.  fixed bug in make.contigs with trimming reverse barcodes and primers. removed extra names check from classfier.  changed minlength default in trim.seqs to 1. added readConsTax function to mothurOut

get.seqs not renaming sequences correctly for dups=f. unique.seqs crash when count table had group data.

added rename.seqs command.

case sensitive include statement caused issues for Unix systems.

citation changes for 1.31.0

Merge remote-tracking branch 'origin'

added debugging to otu.association

re-enabling the destructor to enable deletion of dynamically allocated memory.

Merge branch 'master' into dev-ml

changes while testing

changed how rarefaction commands find the lci and hci. they now save values from each iter at each frequency, report values at the .025 and .975.

added modify names parameter to set.dir

updated default parameters. These are giving better error rates.

cleaned up what is printed to screen

added make.lookup command.

added count file to create.database command. corrected for change to get.oturep changing order of members in otu to reflect the names file format.  That change caused the create.database command to fail to find otus

cluster.split was not sorting the list file in order of abundance

added sparcc command.  fixed bug in remove.groups that removed all groups if you had a typo in the group name. fixed order parameter in sff.multiple.

paralellized parsimony, unifrac.unweighted, phylo.diversity, indicator commands for windows.

a lot of new input parameters in rf module, implemented a pruning system in the rf tree plus some runtime performance improvements

added square format for phylipfile. made command work with list files containing unique and redundant sequences

added shared, constaxonomy and label parameter to get.lineage and remove.lineage commands. Allows user to select / remove OTUs that classified to a specific taxonomy or set of taxonomies.

added adjustDots function to pcr.seqs, keeps sequences aligned in case where primers are found at different locations.

paralellized make.table / count.seqs command. added getCopy function to groupMap class.

added flag to count table read so that commands that don't require the group info can tell countTable to ignore it

added mothurOutJustToScreen function and changed all counter outputs to use it.

paralellized unifrac.weighted for windows. added get.metacommunity command.  fixed bug in sequence class filterToPos that was effecting pcr.seqs trimming. {For forward primer trimming with aligned sequences and keepdots=t. If the character before the first primer base was a base and not a gap the base was not trimmed.} modified setFilePosFasta in mothurOut class to help with large files on 32bit machines.

added get.metacommunity command.

added rarepercent and keepties parameters to the filter.shared command.

added method parameter to get.oturep. options method=abundance or distance. default=distance. added summary type to current types saved by mother

sffinfo bug with flow grams right index when clipQualRight=0

added name, group and count files to chop.seqs. added intelligent warnings for when you use a group file instead of design file - common bug report.

added count file to get.sabund and get.rabund commands. fixed bug in windows paralellization of pairwise.seqs - cutoff was not passed to thread. added otulabels to shared file in remove.rare command.  added check to make sure reorient is only used when paired barcodes are provided.

added end of file character to some type type reads. fixes while testing.

removed make count from make.contigs

make.contigs bug with file option and multiple processors. added make count parameter

finished dereplicate changes to chimera commands.  added taxonomy file to subsample command.

Merge remote-tracking branch 'origin'

working on dereplicate=t issue in chimera.slayer and chimera.perseus, added appendFilesWithoutHeaders to mothurOut. fixed bug in make.contigs with headers. fixed name file overwrite in unique.seqs. fixed seq name mismatch in get.seqs if dups=f. added count file to seq. error command.

Fixed a bug in the count output of seq.error when using multiple processors

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fine tuning to make.contigs parameters

finished up adding N code to trim.flows

added N for trimOligos change

added N code to flow data. removed changed for trimming of fast=T in trim.flows.

added pacbio parameter to fastq.info. fixed issue with paired primers in trim.seqs

<= change for anova and homova. finished chimera.uchime dereplicate=t issue.

Merge remote-tracking branch 'origin'

working on chimera.uchime change for dereplicate=t bug. added shared file to get.shareseqs command and changed groups parameters to shared groups and unique groups. fixed trimming bug with trim.flows. working on trim.seqs for paired barcodes.

Added flow=I to trim.flows

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

pat's mods to seqerrorcommand

mods to resolve some misc warnings. added alignPrimer function to needle man to allow for degenerated bases.  added trimming of paired barcodes and primers to trim.seqs

updated project file

working on topdown in pre.cluster

linux screen.seqs segfault

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

update to new version of Xcode

test