ccode working - still need to paralellize

updated pats contact and mothur header info

changed raredisplay to use vectors instead of files

added more descriptive error messages to sharedlist

checking in chimera files in progress after move to michigan

last changes before move

last changes before move

removing mallard

chimera.seqs pintail is working.

mothur-v.1.5.0

This is 1.5.

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs for 1.5

bugs for 1.5

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

working on chimeras

pat's changes after generating wiki pages for 1.5

Thallinger changes to cluster command.

pat's edits prior to v.1.5

working on chimeras

fixed bug with aligner in database class, worked on chimeras

worked on chimeras

changed sequence class so that when constructor is called aligned and unaligned values are filled, also worked on chimeras

fixed bugs in venn and aligner

*** empty log message ***

added sorted option to get.rabund command

added getline function to mothur and modified places where we use getline to use this new function.

added stricter compilation requirements and fixed resulting errors

added system command

added remove.seqs command

added get.seqs command

added list.seqs command

fixed bug in sequencedb read for windows users and substr error in trim.seqs

made changes to concensus to find a better tree.  also fixed minor bug in venn with 4 groups

fixed misspelling on consensus

fixed bug in bootstrap command that was caused by globaldata's breakup, and made concensus command part of bootstrap.shared

modified read.otu and shared command

added logfile feature

mothur v.1.4.1

changed how we do "smart" distancing

worked on parselist and shared commands, removing memory leaks and allowing any number of groups to be used by parselist.

This is v.1.4.0

version 1.4

version working on mac with .tellg changed to unget for windows

fixed some bugs

added an alignreport option to screen seqs

a few minor things - pds

fixed some bugs and added scriptengine

fixing minor bugs

removed validcommands and put its checking in commandfactory.

merged pat's trim seqs edits with sarah's major overhaul of global data; also added merge.files

broke up globaldata and moved error checking and help into commands

got rid of extra temp files in dist.seqs

added help for heatmap.sim

added heatmap.sim command and changed heatmap to heatmap.bin

fixed how seq.dists divides the matrix for multiple processors

added some features to trim.seqs

dist.seqs can now use n processors, and only outputs the phylip formatted distance matrix if the user sets phylip=t

modified trim.seqs command

added trim.seqs command

added reverse.seqs command

line and label no longer persist between commands.  Added phylip formated output to dist.seqs command.

remove some files

removed readseqs, readfasta, readnexus, readclustal, readseqsphylip and updated sequencedb to be a container that can read from a file.

modified filter.seqs to not store all seqs in memory but to read off disc

*** empty log message ***

fixed some bugs

pat's edits of screen.seqs and summary.seqs

fixed a bug in calculating the # of ambig bases

added screen.seqs command - pds

added get.rabund and get.sabund command and fixed bug introduced by line by line optimization

addition of summary.seq command [pds]

allow user to input quit instead of quit()

added smart distance feature and optimized all commands using line by line processing

fixed bug for windows users with read.dist

*** empty log message ***

fixed multiple bugs for 1.4 release
modified tree.shared to allow using a distance file

This contains Pat's bug fixes and updates.  It represents mothur v.1.3.0

changed defaults for filter.seqs()

changed defaults in allign.seqs command

fixed bugs

modified bin.seqs and get.oturep commands to include use of a groupfile if provided and removed get.repseqs command.

added ability to put # in front of any line in the batch file you don't want to use

fixed Thomas' calculators

fixed blast code path problem

added dist.shared command

added get.repseqs command, started matrix output command

added shen calculator

added shen calculator

added help for alignment code and thomas' calcs to project

added boneh, efron, and solow calculators

added alignment code

fixed if defined in dist.seqs command

fixed memory leak in collect.shared()

speed up rarefaction.shared

fixed bug in heatmap

fixed memory leak in rarefact