weightedlinkage.cpp

   1 #ifndef WEIGHTEDLINKAGE_H
   2 #define WEIGHTEDLINKAGE_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "cluster.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8
   9 /* This class implements the WPGMA, weighted average neighbor clustering algorithm */
  10
  11 /***********************************************************************/
  12
  13 WeightedLinkage::WeightedLinkage(RAbundVector* rav, ListVector* lv, SparseDistanceMatrix* dm, float c, string s) :
  14         Cluster(rav, lv, dm, c, s)
  15 {
  16         saveRow = -1;
  17         saveCol = -1;
  18 }
  19
  20
  21 /***********************************************************************/
  22 //This function returns the tag of the method.
  23 string WeightedLinkage::getTag() {
  24         return("wn");
  25 }
  26
  27
  28 /***********************************************************************/
  29 //This function updates the distance based on the average linkage method.
  30 bool WeightedLinkage::updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell) {
  31         try {
  32                 if ((saveRow != smallRow) || (saveCol != smallCol)) {
  33 //                      rowBin = rabund->get(smallRow);
  34 //                      colBin = rabund->get(smallCol);
  35 //                      totalBin = rowBin + colBin;
  36                         saveRow = smallRow;
  37                         saveCol = smallCol;
  38                 }
  39
  40                 colCell.dist = (colCell.dist + rowCell.dist) / 2.0;
  41
  42                 return(true);
  43         }
  44         catch(exception& e) {
  45                 m->errorOut(e, "WeightedLinkage", "updateDistance");
  46                 exit(1);
  47         }
  48 }
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 #endif