treereader.h

   1 #ifndef Mothur_treereader_h
   2 #define Mothur_treereader_h
   3
   4 //
   5 //  treereader.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 4/11/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "mothurout.h"
  13 #include "tree.h"
  14 #include "counttable.h"
  15
  16 class TreeReader {
  17
  18 public:
  19
  20     TreeReader(string tf, string cf);
  21     TreeReader(string tf, string gf, string nf);
  22         ~TreeReader() {}
  23
  24     vector<Tree*> getTrees()            { return trees;     }
  25
  26 private:
  27     MothurOut* m;
  28         vector<Tree*> trees;
  29     CountTable* ct;
  30     //map<string, string> nameMap; //dupName -> uniqueName
  31    // map<string, string> names;
  32
  33     string treefile, groupfile, namefile, countfile;
  34
  35     bool readTrees();
  36     int readNamesFile();
  37 };
  38
  39
  40
  41 #endif