treecalculator.h

   1 #ifndef TREECALCULATOR_H
   2 #define TREECALCULATOR_H
   3
   4 /*
   5  *  treecalculator.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "tree.h"
  15 #include "mothurout.h"
  16
  17 /* The tree calculator class is the parent class for tree calculators in mothur. */
  18
  19 typedef vector<double> EstOutput;
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 class TreeCalculator {
  24
  25 public:
  26         TreeCalculator(){ m = MothurOut::getInstance(); }
  27         TreeCalculator(string n) : name(n) {};
  28
  29         virtual ~TreeCalculator(){};
  30         virtual EstOutput getValues(Tree*) { return data; }
  31         virtual EstOutput getValues(Tree*, int, string) { return data; }
  32         virtual EstOutput getValues(Tree*, string, string) { return data; }
  33         virtual EstOutput getValues(Tree*, string, string, vector<double>&) { return data; }
  34
  35         virtual string getName()                {       return name;    }
  36
  37 protected:
  38         EstOutput data;
  39         string name;
  40         MothurOut* m;
  41
  42 };
  43
  44 /***********************************************************************/
  45
  46 #endif