taxonomynode.cpp

   1 /*
   2  *  taxonomynode.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 7/8/11.
   6  *  Copyright 2011 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 /**************************************************************************************************/
  11
  12 #include "taxonomynode.h"
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  14 /**************************************************************************************************/
  15
  16 TaxonomyNode::TaxonomyNode(string n, int l): name(n), level(l){
  17     m = MothurOut::getInstance();
  18         parent = -1;
  19         numChildren = 0;
  20         numSeqs = 0;
  21 }
  22
  23 /**************************************************************************************************/
  24
  25 void TaxonomyNode::setName(string n)                    {       name = n;                                       }
  26
  27 /**************************************************************************************************/
  28
  29 string TaxonomyNode::getName()                                  {       return name;                            }
  30
  31 /**************************************************************************************************/
  32
  33 void TaxonomyNode::setParent(int p)                             {       parent = p;                                     }
  34
  35 /**************************************************************************************************/
  36
  37 int TaxonomyNode::getParent()                                   {       return parent;                          }
  38
  39 /**************************************************************************************************/
  40
  41 void TaxonomyNode::makeChild(string c, int i)   {       children[c] = i;                        }
  42
  43
  44 /**************************************************************************************************/
  45
  46 map<string, int> TaxonomyNode::getChildren()    {       return children;                        }
  47
  48 /**************************************************************************************************/
  49
  50 int TaxonomyNode::getChildIndex(string c){
  51         map<string, int>::iterator it = children.find(c);
  52         if(it != children.end())        {       return it->second;                      }
  53         else                                            {       return -1;                                      }
  54 }
  55
  56 /**************************************************************************************************/
  57
  58 int     TaxonomyNode::getNumKids()                                      {       return (int)children.size();            }
  59
  60 /**************************************************************************************************/
  61
  62 int     TaxonomyNode::getNumSeqs()                                      {       return numSeqs;                         }
  63
  64 /**************************************************************************************************/
  65
  66 void TaxonomyNode::setTotalSeqs(int n)                  {       totalSeqs = n;                          }
  67
  68 /**************************************************************************************************/
  69
  70 int TaxonomyNode::getLevel()                                    {       return level;                           }
  71
  72 /**************************************************************************************************/