taxonomyequalizer.h

   1 #ifndef TAXONOMYEQUALIZER_H
   2 #define TAXONOMYEQUALIZER_H
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   5 /*
   6  *  taxonomyequalizer.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 11/20/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
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  14 #include "mothur.h"
  15 #include "mothurout.h"
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  17 //reads in taxonomy file and makes all the taxonomies the same length
  18 //by appending the last taxon to a given taxonomy as many times as needed to
  19 //make it as long as the longest taxonomy in the file
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  21 /**************************************************************************************************/
  22
  23 class TaxEqualizer  {
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  25 public:
  26         TaxEqualizer(string, int, string);
  27         ~TaxEqualizer() {};
  28
  29         string getEqualizedTaxFile()    {       return equalizedFile;   }
  30         int getHighestLevel()                   {       return highestLevel;    }
  31
  32
  33 private:
  34         string equalizedFile, testTax, outputDir;
  35         bool containsConfidence;
  36         int cutoff, highestLevel;
  37         map<string, int> seqLevels;  //maps name to level of taxonomy
  38
  39         int getHighestLevel(ifstream&);  //scans taxonomy file to find taxonomy with highest level
  40         void extendTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  41         void truncateTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  42         MothurOut* m;
  43
  44 };
  45
  46 /**************************************************************************************************/
  47
  48
  49 #endif
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