suffixdb.hpp

   1 #ifndef SUFFIXDB_HPP
   2 #define SUFFIXDB_HPP
   3
   4 /*
   5  *  suffixdb.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This is a child class of the Database abstract datatype.  The class is basically a database of suffix trees and an
  12  *      encapsulation of the method for finding the most similar tree to an inputted sequence.  the suffixForest object
  13  *      is a vector of SuffixTrees, with each template sequence being represented by a different SuffixTree.  The class also
  14  *      provides a method to take an unaligned sequence and find the closest sequence in the suffixForest.  The search
  15  *      method is inspired by the article and Perl source code provided at http://www.ddj.com/web-development/184416093.  I
  16  *      would estimate that the time complexity is O(LN) for each search, which is slower than the kmer searching, but
  17  *      faster than blast
  18  *
  19  */
  20
  21 #include "mothur.h"
  22 #include "database.hpp"
  23 #include "suffixtree.hpp"
  24
  25 class SuffixDB : public Database {
  26
  27 public:
  28         SuffixDB(int);
  29         SuffixDB();
  30         ~SuffixDB();
  31
  32         void generateDB() {}; //adding sequences generates the db
  33         void addSequence(Sequence);
  34         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  35
  36 private:
  37         vector<SuffixTree> suffixForest;
  38         int count;
  39 };
  40
  41 #endif