sracommand.h

   1 //
   2 //  sracommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 10/28/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_sracommand_h
  10 #define Mothur_sracommand_h
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "trimoligos.h"
  14 #include "oligos.h"
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 class SRACommand : public Command {
  19 public:
  20     SRACommand(string);
  21     SRACommand();
  22     ~SRACommand(){}
  23
  24     vector<string> setParameters();
  25     string getCommandName()                     { return "sra";                 }
  26     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  27
  28     string getOutputPattern(string);
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/sra"; }
  32     string getDescription()             { return "create a Sequence Read Archive / SRA"; }
  33
  34     int execute();
  35     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37 private:
  38     bool abort, isSFF, pairedOligos;
  39     int tdiffs, bdiffs, pdiffs, sdiffs, ldiffs;
  40     string sfffile, fastqfile, outputDir, file, oligosfile, contactfile, inputfile, mimarksfile;
  41     string libStrategy, libSource, libSelection, libLayout, platform, instrumentModel, fileType, dataType, checkorient;
  42     string submissionName, lastName, firstName, email, centerName, centerType, description, website, orientation, packageType;
  43     string projectName, grantId, grantTitle, grantAgency, projectTitle, inputDir;
  44     vector<string> outputNames, Groups;
  45     map<string, vector<string> > Group2Barcode;
  46     map<string, vector<string> > Group2Primer;
  47     map<string, string> Group2Organism;
  48     map<string, map<string, string> > mimarks;  //group -> <field -> valueForGroup> ex.  F003D001 -> <lat_lon -> 42.282026 -83.733850>
  49     set<string> uniqueNames;
  50
  51     bool checkCasesInstrumentModels(string&);
  52     bool checkCasesPlatforms(string&);
  53     bool checkCasesLibStrategy(string&);
  54     bool checkCasesLibSource(string&);
  55     bool checkCasesLibSelection(string&);
  56     bool checkCasesDataType(string&);
  57     bool sanityCheckMiMarksGroups();
  58     int readFile(map<string, vector<string> >&);
  59     int readContactFile();
  60     int readMIMarksFile();
  61     int readOligos();
  62     int parseSffFile(map<string, vector<string> >&);
  63     int parseFastqFile(map<string, vector<string> >&);
  64     int checkGroups(map<string, vector<string> >&);
  65     int mapGroupToFile(map<string, vector<string> >&, vector<string>);
  66     string reverseOligo(string oligo);
  67
  68 };
  69
  70 /**************************************************************************************************/
  71
  72
  73
  74 #endif