sracommand.h

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   2 //  sracommand.h
   3 //  Mothur
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   5 //  Created by SarahsWork on 10/28/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef Mothur_sracommand_h
  10 #define Mothur_sracommand_h
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  12 #include "command.hpp"
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  15 /**************************************************************************************************/
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  17 class SRACommand : public Command {
  18 public:
  19     SRACommand(string);
  20     SRACommand();
  21     ~SRACommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "sra";                 }
  25     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  26
  27     string getOutputPattern(string);
  28
  29         string getHelpString();
  30     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/sra"; }
  31     string getDescription()             { return "create a Sequence Read Archive / SRA"; }
  32
  33     int execute();
  34     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36 private:
  37     bool abort;
  38     int tdiffs, bdiffs, pdiffs, sdiffs, ldiffs;
  39     string sfffile, fastqfile, platform, outputDir, groupfile, file, oligosfile;
  40     vector<string> outputNames;
  41
  42     int readFile(vector<string>&);
  43     int parseSffFile(vector<string>&);
  44     int parseFastqFile(vector<string>&);
  45
  46 };
  47
  48 /**************************************************************************************************/
  49
  50
  51
  52 #endif