sparsematrix.hpp

   1 #ifndef SPARSEMATRIX_H
   2 #define SPARSEMATRIX_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "mothurout.h"
   6
   7
   8 class ListVector;
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  10 /***********************************************************************/
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  13  struct PCell{
  14         ull row;
  15         ull column;
  16         float dist;
  17         PCell** vectorMap;
  18         PCell() : row(0), column(0), dist(0), vectorMap(NULL) {};
  19         PCell(ull r, ull c, float d) : row(r), column(c), dist(d), vectorMap(NULL) {};
  20 };
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  25
  26 class SparseMatrix {
  27
  28 public:
  29         SparseMatrix();
  30         ~SparseMatrix(){  while(!mins.empty() && mins.back() == NULL){  mins.pop_back();        }  }
  31         int getNNodes();
  32         void print();                                   //Print the contents of the matrix
  33         void print(ListVector*);                //Print the contents of the matrix
  34         PCell* getSmallestCell();               //Return the cell with the smallest distance
  35         float getSmallDist();
  36
  37         MatData rmCell(MatData);
  38         void addCell(PCell);
  39         void clear();
  40         MatData begin();
  41         MatData end();
  42
  43 private:
  44         PCell* smallCell;                               //The cell with the smallest distance
  45         int numNodes;
  46
  47         list<PCell> matrix;
  48
  49         vector<PCell*> mins;
  50         float smallDist;
  51         int minsIndex;
  52         MothurOut* m;
  53 };
  54
  55 /***********************************************************************/
  56
  57 #endif