sharedlennon.cpp

   1 /*
   2  *  sharedlennon.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 3/24/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedlennon.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 EstOutput Lennon::getValues(vector<SharedRAbundVector*> shared) {
  15         try {
  16                 double S1, S2, S12, tempA, tempB, min;
  17                 S1 = 0; S2 = 0; S12 = 0; tempA = 0; tempB = 0; min = 0;
  18
  19                 /*S1, S2 = number of OTUs observed or estimated in A and B
  20                 S12=number of OTUs shared between A and B */
  21
  22                 data.resize(1,0);
  23
  24                 for (int i = 0; i < shared[0]->getNumBins(); i++) {
  25                         //store in temps to avoid multiple repetitive function calls
  26                         tempA = shared[0]->getAbundance(i);
  27                         tempB = shared[1]->getAbundance(i);
  28
  29                         if (tempA != 0) { S1++; }
  30                         if (tempB != 0) { S2++; }
  31
  32                         //they are shared
  33                         if ((tempA != 0) && (tempB != 0)) {     S12++; }
  34                 }
  35
  36
  37                 tempA = S1 - S12;  tempB = S2 - S12;
  38
  39                 if (tempA < tempB) { min = tempA; }
  40                 else { min = tempB; }
  41
  42                 data[0] = 1.0 - S12 / (float)(S12 + min);
  43
  44                 if (isnan(data[0]) || isinf(data[0])) { data[0] = 0; }
  45
  46                 return data;
  47         }
  48         catch(exception& e) {
  49                 m->errorOut(e, "Lennon", "getValues");
  50                 exit(1);
  51         }
  52 }
  53
  54 /***********************************************************************/