sharedjabund.cpp

   1 /*
   2  *  sharedjabund.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/8/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedjabund.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 EstOutput JAbund::getValues(vector<SharedRAbundVector*> shared) {
  15         try {
  16                 EstOutput UVest;
  17                 UVest.resize(2,0);
  18                 data.resize(1,0);
  19
  20                 UVest = uv->getUVest(shared);
  21
  22                 //UVest[0] is Uest UVest[1] is Vest
  23                 data[0] = 1.0-(UVest[0] * UVest[1]) / ((float)(UVest[0] + UVest[1] - (UVest[0] * UVest[1])));
  24                 if(data[0] > 1){data[0] = 0;    }
  25                 if (isnan(data[0]) || isinf(data[0])) { data[0] = 0; }
  26
  27                 return data;
  28         }
  29         catch(exception& e) {
  30                 m->errorOut(e, "JAbund", "getValues");
  31                 exit(1);
  32         }
  33 }
  34
  35 /***********************************************************************/