shannonrange.cpp

   1 //
   2 //  shannonrange.cpp
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 1/3/14.
   6 //  Copyright (c) 2014 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #include "shannonrange.h"
  10
  11 /***********************************************************************/
  12
  13 EstOutput RangeShannon::getValues(SAbundVector* rank){
  14         try {
  15         data.resize(3,0);
  16
  17         double commSize = 1e20;
  18         double sampleSize = rank->getNumSeqs();
  19
  20         double aux = ceil(pow(sampleSize+1, (1/(double)3)));
  21         double est0 = rank->get(1)+1;
  22         if (aux > est0) { est0 = aux; } //est0 = max(rank->get(1)+1, aux)
  23
  24         vector<double> ests;
  25         double numr = 0.0;
  26         for (int i = 1; i < rank->getNumBins()-1; i++) {
  27
  28             if (m->control_pressed) { break; }
  29
  30             int abund = rank->get(i);
  31
  32             if (abund != 0) {
  33
  34                 int abundNext = rank->get(i+1);
  35                 if (abundNext == 0) {  numr = aux;  }
  36                 else {
  37                     if (abundNext+1 > aux) { numr = abundNext+1; } //numr = max(abundNext+1, aux)
  38                     else { numr = aux; }
  39                 }
  40                 double denr = aux;
  41                 if (abund > aux) { denr = abund; } //denr = max(abund, aux)
  42                 ests.push_back((abund+1)*numr/denr);
  43              }
  44         }
  45         numr = aux;
  46
  47
  48                 if (isnan(data[0]) || isinf(data[0])) { data[0] = 0; }
  49
  50                 return data;
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 m->errorOut(e, "RangeShannon", "getValues");
  54                 exit(1);
  55         }
  56 }
  57 /***********************************************************************/