sffmultiplecommand.h

   1 #ifndef Mothur_sffmultiplecommand_h
   2 #define Mothur_sffmultiplecommand_h
   3
   4 //
   5 //  sffmultiplecommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 8/14/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "sffinfocommand.h"
  14 #include "seqsummarycommand.h"
  15 #include "trimflowscommand.h"
  16 #include "shhhercommand.h"
  17 #include "trimseqscommand.h"
  18
  19 class SffMultipleCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         SffMultipleCommand(string);
  23         SffMultipleCommand();
  24         ~SffMultipleCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "sff.multiple";                        }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Sff.multiple"; }
  33         string getDescription()         { return "run multiple sff files through, sffinfo, trim.flow, shhh.flows and trim.seqs combining the results"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39
  40     struct linePair {
  41                 int start;
  42                 int end;
  43                 linePair(int i, int j) : start(i), end(j) {}
  44         };
  45
  46         string filename, outputDir, flowOrder, lookupFileName, minDelta;
  47         vector<string> outputNames;
  48         bool abort, trim, large, flip, allFiles, keepforward, append, makeGroup;
  49         int maxFlows, minFlows, minLength, maxLength, maxHomoP, tdiffs, bdiffs, pdiffs, sdiffs, ldiffs;
  50         int processors, maxIters, largeSize;
  51         float signal, noise, cutoff, sigma;
  52     int keepFirst, removeLast, maxAmbig;
  53
  54     int readFile(vector<string>& sffFiles, vector<string>& oligosFiles);
  55     int createProcesses(vector<string> sffFiles, vector<string> oligosFiles, string, string, string);
  56     int driver(vector<string> sffFiles, vector<string> oligosFiles, int start, int end, string, string, string);
  57     int mergeOutputFileList(map<string, vector<string> >& files, map<string, vector<string> >& temp);
  58
  59
  60
  61 };
  62
  63 #endif