sffinfocommand.h

   1 #ifndef SFFINFOCOMMAND_H
   2 #define SFFINFOCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  sffinfocommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/7/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "groupmap.h"
  15 #include "oligos.h"
  16 #include "trimoligos.h"
  17
  18 /**********************************************************/
  19
  20 class SffInfoCommand : public Command {
  21
  22 public:
  23         SffInfoCommand(string);
  24         SffInfoCommand();
  25         ~SffInfoCommand(){}
  26
  27         vector<string> setParameters();
  28         string getCommandName()                 { return "sffinfo";                                     }
  29         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  30
  31         string getHelpString();
  32     string getOutputPattern(string);
  33         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Sffinfo"; }
  34         string getDescription()         { return "extract sequences reads from a .sff file"; }
  35
  36         int execute();
  37         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  38
  39 private:
  40         string sffFilename, sfftxtFilename, outputDir, accnosName, currentFileName, oligosfile, noMatchFile, groupfile;
  41         vector<string> filenames, outputNames, accnosFileNames, oligosFileNames, groupFileNames;
  42         bool abort, fasta, qual, trim, flow, sfftxt, hasAccnos, hasOligos, hasGroup, reorient, pairedOligos;
  43         int mycount, split, numBarcodes, numFPrimers, numLinkers, numSpacers, numRPrimers, pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tdiffs, numNoMatch;
  44         set<string> seqNames;
  45     GroupMap* groupMap;
  46     vector<vector<int> > numSplitReads;
  47     vector<vector<string> > filehandles;
  48     vector<vector<string> > filehandlesHeaders;
  49     Oligos* oligosObject;
  50
  51         //extract sff file functions
  52         int extractSffInfo(string, string, string);
  53         int readCommonHeader(ifstream&, CommonHeader&);
  54         int readHeader(ifstream&, Header&);
  55         bool readSeqData(ifstream&, seqRead&, int, Header&, TrimOligos*&, TrimOligos*&);
  56         int decodeName(string&, string&, string&, string);
  57     bool readOligos(string oligosFile);
  58     bool readGroup(string oligosFile);
  59
  60         int printCommonHeader(ofstream&, CommonHeader&);
  61         int printHeader(ofstream&, Header&);
  62         int printSffTxtSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
  63         int printFlowSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
  64         int printFastaSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
  65         int printQualSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
  66         int readAccnosFile(string);
  67         int parseSffTxt();
  68         bool sanityCheck(Header&, seqRead&);
  69     int adjustCommonHeader(CommonHeader);
  70     int findGroup(Header header, seqRead read, int& barcode, int& primer, TrimOligos*&, TrimOligos*&);
  71     int findGroup(Header header, seqRead read, int& barcode, int& primer, string);
  72     string reverseOligo(string oligo);
  73
  74         //parsesfftxt file functions
  75         int parseHeaderLineToInt(ifstream&);
  76         vector<unsigned short> parseHeaderLineToFloatVector(ifstream&, int);
  77         vector<unsigned int> parseHeaderLineToIntVector(ifstream&, int);
  78         string parseHeaderLineToString(ifstream&);
  79 };
  80
  81 /**********************************************************/
  82
  83 #endif
  84
  85