sffinfocommand.h

   1 #ifndef SFFINFOCOMMAND_H
   2 #define SFFINFOCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  sffinfocommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/7/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14
  15
  16 /**********************************************************/
  17 struct CommonHeader {
  18         unsigned int magicNumber;
  19         string version;
  20         unsigned long long indexOffset;
  21         unsigned int indexLength;
  22         unsigned int numReads;
  23         unsigned short headerLength;
  24         unsigned short keyLength;
  25         unsigned short numFlowsPerRead;
  26         int flogramFormatCode;
  27         string flowChars; //length depends on number flow reads
  28         string keySequence; //length depends on key length
  29
  30         CommonHeader(){ magicNumber=0; indexOffset=0; indexLength=0; numReads=0; headerLength=0; keyLength=0; numFlowsPerRead=0; flogramFormatCode='s'; }
  31         ~CommonHeader() { }
  32 };
  33 /**********************************************************/
  34 struct Header {
  35         unsigned short headerLength;
  36         unsigned short nameLength;
  37         unsigned int numBases;
  38         unsigned short clipQualLeft;
  39         unsigned short clipQualRight;
  40         unsigned short clipAdapterLeft;
  41         unsigned short clipAdapterRight;
  42         string name; //length depends on nameLength
  43         string timestamp;
  44         string region;
  45         string xy;
  46
  47         Header() { headerLength=0; nameLength=0; numBases=0; clipQualLeft=0; clipQualRight=0; clipAdapterLeft=0; clipAdapterRight=0; }
  48         ~Header() { }
  49 };
  50 /**********************************************************/
  51 struct seqRead {
  52         vector<unsigned short> flowgram;
  53         vector<unsigned int> flowIndex;
  54         string bases;
  55         vector<unsigned int> qualScores;
  56
  57         seqRead() { }
  58         ~seqRead() { }
  59 };
  60 /**********************************************************/
  61
  62 class SffInfoCommand : public Command {
  63
  64 public:
  65         SffInfoCommand(string);
  66         SffInfoCommand();
  67         ~SffInfoCommand(){}
  68
  69         vector<string> setParameters();
  70         string getCommandName()                 { return "sffinfo";                                     }
  71         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  72
  73         string getHelpString();
  74     string getOutputPattern(string);
  75         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Sffinfo"; }
  76         string getDescription()         { return "extract sequences reads from a .sff file"; }
  77
  78         int execute();
  79         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  80
  81 private:
  82         string sffFilename, sfftxtFilename, outputDir, accnosName, currentFileName, oligosfile, noMatchFile;
  83         vector<string> filenames, outputNames, accnosFileNames, oligosFileNames;
  84         bool abort, fasta, qual, trim, flow, sfftxt, hasAccnos, hasOligos;
  85         int mycount, split, numFPrimers, numLinkers, numSpacers, pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tdiffs;
  86         set<string> seqNames;
  87     map<string, int> barcodes;
  88     map<string, int> primers;
  89     vector<string> linker, spacer, primerNameVector, barcodeNameVector, revPrimer;
  90     vector<vector<int> > numSplitReads;
  91     vector<vector<string> > filehandles, filehandlesHeaders;
  92
  93         //extract sff file functions
  94         int extractSffInfo(string, string, string);
  95         int readCommonHeader(ifstream&, CommonHeader&);
  96         //int readHeader(ifstream&, Header&);
  97         int readSeqData(ifstream&, seqRead&, int, Header&);
  98         int decodeName(string&, string&, string&, string);
  99     bool readOligos(string oligosFile);
 100
 101         int printCommonHeader(ofstream&, CommonHeader&);
 102         int printHeader(ofstream&, Header&);
 103         int printSffTxtSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
 104         int printFlowSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
 105         int printFastaSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
 106         int printQualSeqData(ofstream&, seqRead&, Header&);
 107         int readAccnosFile(string);
 108         int parseSffTxt();
 109         bool sanityCheck(Header&, seqRead&);
 110     int adjustCommonHeader(CommonHeader);
 111     int findGroup(Header header, seqRead read, int& barcode, int& primer);
 112     string reverseOligo(string oligo);
 113
 114         //parsesfftxt file functions
 115         int parseHeaderLineToInt(ifstream&);
 116         vector<unsigned short> parseHeaderLineToFloatVector(ifstream&, int);
 117         vector<unsigned int> parseHeaderLineToIntVector(ifstream&, int);
 118         string parseHeaderLineToString(ifstream&);
 119 };
 120
 121 /**********************************************************/
 122
 123 #endif
 124
 125