sequencedb.h

   1 #ifndef SEQUENCEDB_H
   2 #define SEQUENCEDB_H
   3
   4 /*
   5  *  sequencedb.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 4/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a container to store the sequences. */
  15
  16
  17 #include "sequence.hpp"
  18 #include "calculator.h"
  19
  20
  21 class SequenceDB {
  22
  23 public:
  24         SequenceDB();
  25         SequenceDB(int);           //makes data that size
  26         SequenceDB(ifstream&);     //reads file to fill data
  27         SequenceDB(const SequenceDB& sdb) : data(sdb.data) {};
  28         ~SequenceDB();             //loops through data and delete each sequence
  29
  30         int getNumSeqs();
  31
  32         void set(int, string);     //unaligned - should also set length
  33         void set(int, Sequence);   //unaligned - should also set length
  34         Sequence get(int);         //returns sequence name at that location
  35         void push_back(Sequence);        //adds unaligned sequence
  36         void resize(int);      //resizes data
  37         void clear();              //clears data - remeber to loop through and delete the sequences inside or you will have a memory leak
  38         int size();                //returns datas size
  39         void print(ostream&);      //loops through data using sequence class print
  40         bool sameLength() { return samelength; }
  41
  42 private:
  43         vector<Sequence> data;
  44         string readName(ifstream&);
  45         string readSequence(ifstream&);
  46         MothurOut* m;
  47         bool samelength;
  48         int length;
  49
  50 };
  51
  52 #endif