seqnoise.h

   1 #ifndef SEQNOISE
   2 #define SEQNOISE
   3
   4
   5
   6 /*
   7  *  mySeqNoise.h
   8  *
   9  *
  10  *  Created by Pat Schloss on 8/31/11.
  11  *  Copyright 2011 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  12  *
  13  */
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  15 /*****************************************************************************************************************************/
  16 /*****************************************************************************************************************************/
  17 /* NOTE: Order matters in this class.  If you are going to use it, make sure your files have the sequences in the same order. */
  18 /*****************************************************************************************************************************/
  19 /*****************************************************************************************************************************/
  20
  21
  22 #include "mothurout.h"
  23 /**************************************************************************************************/
  24
  25 struct freqData {
  26
  27         freqData(int i, int freq) : frequency(freq), index(i){  }
  28
  29         bool operator<( freqData const& rhs ) const {
  30                 return frequency < rhs.frequency;
  31         }
  32
  33         int frequency;
  34         int index;
  35
  36 };
  37 /**************************************************************************************************/
  38
  39 class seqNoise {
  40 public:
  41         seqNoise() { m = MothurOut::getInstance();  }
  42         ~seqNoise(){}
  43
  44         int getSequenceData(string, vector<string>&);
  45         int addSeq(string, vector<string>&);
  46         int getRedundantNames(string, vector<string>&, vector<string>&, vector<int>&);
  47         int addRedundantName(string, string, vector<string>&, vector<string>&, vector<int>&);
  48     int getDistanceData(string, vector<double>&);
  49         int getListData(string, double, vector<int>&, vector<int>&, vector<vector<int> >&);
  50         int updateOTUCountData(vector<int>, vector<vector<int> >, vector<vector<int> >, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  51         double calcNewWeights(vector<double>&,vector<int>,vector<int>,vector<int>,vector<int>,vector<int>,vector<double>);
  52         int calcCentroids(vector<int>,vector<int>,vector<int>&,vector<int>&,vector<int>,vector<double>,vector<int>,vector<int>,vector<double>);
  53         int checkCentroids(vector<double>&, vector<int>);
  54         int setUpOTUData(vector<int>&, vector<double>&, vector<int>, vector<double>, vector<int>, vector<int>, vector<int>);
  55         int finishOTUData(vector<int>, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, vector<double>&);
  56         int writeOutput(string, string, string, vector<int>, vector<int>, vector<int>, vector<string>, vector<string>, vector<string>, vector<int>, vector<double>&);
  57
  58
  59 private:
  60         MothurOut* m;
  61
  62         int getLastMatch(char, vector<vector<char> >&, int, int, vector<int>&, vector<int>&);
  63         int countDiffs(vector<int>, vector<int>);
  64         vector<int> convertSeq(string);
  65         string degapSeq(string);
  66
  67 };
  68
  69 /**************************************************************************************************/
  70 #endif
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