sensspeccommand.h

   1 #ifndef SENSSPECCOMMAND_H
   2 #define SENSSPECCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  sensspeccommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 7/6/10.
  10  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "inputdata.h"
  18
  19 class SensSpecCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         SensSpecCommand(string);
  23         SensSpecCommand();
  24         ~SensSpecCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "sens.spec";                           }
  28         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "Schloss PD, Westcott SL (2011). Assessing and improving methods used in OTU-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol 77:3219.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Sens.spec"; }
  33         string getDescription()         { return "sens.spec"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39         int processPhylip();
  40         int processColumn();
  41         void setUpOutput();
  42         void outputStatistics(string, string);
  43
  44         string listFile, distFile, nameFile, sensSpecFileName, phylipfile, columnfile;
  45         string outputDir;
  46         string format;
  47         vector<string> outputNames;
  48         set<string> labels; //holds labels to be used
  49
  50         long int truePositives, falsePositives, trueNegatives, falseNegatives;
  51         bool abort, allLines, square;
  52         bool hard;
  53         //string lineLabel;
  54         double cutoff;
  55         int precision;
  56
  57         int fillSeqMap(map<string, int>&, ListVector*&);
  58         int fillSeqPairSet(set<string>&, ListVector*&);
  59         int process(map<string, int>&, string, bool&, string&);
  60         int process(set<string>&, string, bool&, string&, int);
  61     string preProcessList();
  62     bool testFile();
  63
  64 };
  65
  66 #endif
  67
  68
  69