removegroupscommand.h

   1 #ifndef REMOVEGROUPSCOMMAND_H
   2 #define REMOVEGROUPSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  removegroupscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/10/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  14 #include "command.hpp"
  15 #include "groupmap.h"
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  17 class RemoveGroupsCommand : public Command {
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  19 public:
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  21         RemoveGroupsCommand(string);
  22         RemoveGroupsCommand();
  23         ~RemoveGroupsCommand(){}
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  25         vector<string> setParameters();
  26         string getCommandName()                 { return "remove.groups";                       }
  27         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
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  29         string getHelpString();
  30     string getOutputPattern(string);
  31         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Remove.groups"; }
  32         string getDescription()         { return "removes sequences from a list, fasta, name, group, shared, design or taxonomy file from a given group or set of groups"; }
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  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  38 private:
  39         set<string> names;
  40         string accnosfile, fastafile, namefile, groupfile, countfile, designfile, listfile, taxfile, outputDir, groups, sharedfile;
  41         bool abort;
  42         vector<string> outputNames, Groups;
  43         GroupMap* groupMap;
  44         map<string, string> uniqueToRedundant; //if a namefile is given and the first column name is not selected
  45         //then the other files need to change the unique name in their file to match.
  46         //only add the names that need to be changed to keep the map search quick
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  49         int readFasta();
  50         int readShared();
  51         int readName();
  52         int readGroup();
  53     int readCount();
  54         int readList();
  55         int readTax();
  56         int fillNames();
  57     int readDesign();
  58
  59 };
  60
  61 #endif
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  63