readphylipvector.h

   1 #ifndef READPHYLIPVECTOR_H
   2 #define READPHYLIPVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  readphylipvector.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/11/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "mothurout.h"
  16
  17 /******************************************************/
  18
  19 class ReadPhylipVector {
  20
  21 public:
  22         ReadPhylipVector(string); //phylipfile - lt or square
  23         ~ReadPhylipVector() {}
  24         vector<string> read(vector< vector<double> >&); //pass in matrix to fill with values, returns vector of strings containing names in phylipfile
  25         vector<string> read(vector<seqDist>&); //pass in matrix to fill with values, returns vector of strings containing names in phylipfile
  26
  27 private:
  28         string distFile;
  29         MothurOut* m;
  30 };
  31
  32 /******************************************************/
  33
  34 #endif