rarecalc.h

   1 #ifndef RARECALC_H
   2 #define RARECALC_H
   3 /*
   4  *  rarecalc.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/7/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 /* This class is not currently used by Mothur */
  13
  14 #include "calculator.h"
  15
  16 /***********************************************************************/
  17 class RareCalc {
  18
  19 public:
  20         RareCalc(RAbundVector* b) : bins(b), numSeqs(b->getNumSeqs()), maxRank(b->getMaxRank()), numBins(b->getNumBins()) {     m = MothurOut::getInstance(); bMatrix = m->binomial(numSeqs+1); }
  21         EstOutput getValues(int);
  22         string getName()        {       return "rarecalc";      }
  23 private:
  24         RAbundVector* bins;
  25         vector<vector<double> > bMatrix;
  26         int numSeqs, maxRank, numBins;
  27         MothurOut* m;
  28 };
  29
  30 /***********************************************************************/
  31
  32 #endif