rabundvector.hpp

   1 #ifndef RABUND_H
   2 #define RABUND_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /*  Data Structure for a rabund file.
   7     This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   8         A rabundvector can be converted into and ordervector, listvector or sabundvector.
   9         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
  10         So data[0] = 6, because there are six member in that OTU.
  11         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  12                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  13                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  14                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  15
  16 //class SAbundVector;
  17 //class OrderVector;
  18
  19 class RAbundVector : public DataVector {
  20
  21 public:
  22         RAbundVector();
  23         RAbundVector(int);
  24         RAbundVector(vector<int>, int, int, int);
  25 //      RAbundVector(const RAbundVector&);
  26         RAbundVector(string, vector<int>);
  27         RAbundVector(const RAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  28         RAbundVector(ifstream&);
  29         ~RAbundVector();
  30
  31         int getNumBins();
  32         int getNumSeqs();
  33         int getMaxRank();
  34
  35         void set(int, int);
  36         int get(int);
  37         void push_back(int);
  38         void pop_back();
  39         void resize(int);
  40         int size();
  41         void quicksort();
  42         int sum();
  43         int sum(int);
  44         int numNZ();
  45         void clear();
  46         vector<int>::reverse_iterator rbegin();
  47         vector<int>::reverse_iterator rend();
  48
  49         void print(ostream&);
  50         void print(string, ostream&);
  51         void nonSortedPrint(ostream&);
  52
  53         RAbundVector getRAbundVector();
  54         SAbundVector getSAbundVector();
  55         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  56
  57 private:
  58         vector<int> data;
  59         int maxRank;
  60         int numBins;
  61         int numSeqs;
  62 };
  63
  64
  65 #endif