qFinderDMM.h

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   2 //  qFinderDMM.h
   3 //  pds_dmm
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   5 //  Created by Patrick Schloss on 11/8/12.
   6 //  Copyright (c) 2012 University of Michigan. All rights reserved.
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   9 #ifndef pds_dmm_qFinderDMM_h
  10 #define pds_dmm_qFinderDMM_h
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  12 /**************************************************************************************************/
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  14 #include "mothurout.h"
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  16 /**************************************************************************************************/
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  18 class qFinderDMM {
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  20 public:
  21     qFinderDMM(vector<vector<int> >, int);
  22     double getNLL()     {    return currNLL;        }
  23     double getAIC()     {    return aic;            }
  24     double getBIC()     {    return bic;            }
  25     double getLogDet()  {    return logDeterminant; }
  26     double getLaplace() {    return laplace;        }
  27     void printZMatrix(string, vector<string>);
  28     void printRelAbund(string, vector<string>);
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  30 private:
  31     MothurOut* m;
  32     void kMeans();
  33     void optimizeLambda();
  34     void calculatePiK();
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  36     double negativeLogEvidenceLambdaPi(vector<double>&);
  37     void negativeLogDerivEvidenceLambdaPi(vector<double>&, vector<double>&);
  38     double getNegativeLogEvidence(vector<double>&, int);
  39     double getNegativeLogLikelihood();
  40     vector<vector<double> > getHessian();
  41
  42     int lineMinimizeFletcher(vector<double>&, vector<double>&, double, double, double, double&, double&, vector<double>&, vector<double>&);
  43     int bfgs2_Solver(vector<double>&);//, double, double);
  44     double cheb_eval(const double[], int, double);
  45     double psi(double);
  46     double psi1(double);
  47
  48     vector<vector<int> > countMatrix;
  49     vector<vector<double> > zMatrix;
  50     vector<vector<double> > lambdaMatrix;
  51     vector<double> weights;
  52     vector<vector<double> > error;
  53
  54     int numPartitions;
  55     int numSamples;
  56     int numOTUs;
  57     int currentPartition;
  58
  59     double currNLL;
  60     double aic;
  61     double bic;
  62     double logDeterminant;
  63     double laplace;
  64
  65 };
  66
  67 /**************************************************************************************************/
  68
  69 #endif