phylotree.h

   1 #ifndef DOTAXONOMY_H
   2 #define DOTAXONOMY_H
   3
   4 /*
   5  * phylotree.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/17/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "mothurout.h"
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 struct TaxNode {
  19         vector<string> accessions;      //names of seqs in this branch of tree
  20         map<string, int> children;  //childs name to index in tree
  21         int parent, childNumber, level;
  22         string name, heirarchyID;
  23
  24         TaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1) {             }
  25         TaxNode(){}
  26 };
  27
  28 /**************************************************************************************************/
  29
  30 class PhyloTree {
  31
  32 public:
  33         PhyloTree();
  34         PhyloTree(string);  //pass it a taxonomy file and it makes the tree
  35         PhyloTree(ifstream&, string);  //pass it a taxonomy file and it makes the train.tree
  36         ~PhyloTree() {};
  37         int addSeqToTree(string, string);
  38         void assignHeirarchyIDs(int);
  39         void printTreeNodes(string); //used by bayesian to save time
  40         vector<int> getGenusNodes();
  41         vector<int> getGenusTotals();
  42         void setUp(string);  //used to create file needed for summary file if you use () constructor and add seqs manually instead of passing taxonomyfile
  43
  44         TaxNode get(int i);
  45         TaxNode get(string seqName);
  46         string getName(int i);
  47         int getGenusIndex(string seqName);
  48         string getFullTaxonomy(string);  //pass a sequence name return taxonomy
  49     vector<string> getSeqs(string);      //returns names of sequences in given taxonomy
  50
  51         int getMaxLevel()               {       return maxLevel;        }
  52         int getNumSeqs()                {       return numSeqs;         }
  53         int getNumNodes()               {       return tree.size();     }
  54
  55         bool ErrorCheck(vector<string>);
  56
  57 private:
  58         string getNextTaxon(string&, string);
  59         void print(ofstream&, vector<TaxNode>&); //used to create static reference taxonomy file
  60         void fillOutTree(int, vector<TaxNode>&); //used to create static reference taxonomy file
  61         void binUnclassified(string);
  62
  63         vector<TaxNode> tree;
  64         vector<int> genusIndex; //holds the indexes in tree where the genus level taxonomies are stored
  65         vector<int> totals; //holds the numSeqs at each genus level taxonomy
  66         map<string, int> name2Taxonomy;  //maps name to index in tree
  67     map<string, int> name2GenusNodeIndex;
  68         set<int> uniqueTaxonomies;  //map of unique taxonomies
  69         map<int, int> leafNodes; //used to create static reference taxonomy file
  70         //void print(int, ofstream&);
  71         int numNodes;
  72         int numSeqs;
  73         int maxLevel;
  74         bool calcTotals;
  75         MothurOut* m;
  76 };
  77
  78 /**************************************************************************************************/
  79
  80 #endif
  81
  82