ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "ordervector.hpp"
  11
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  24                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  25 {
  26         updateStats();
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  32         try {
  33                 int hold;
  34
  35                 f >> label;
  36                 f >> hold;
  37
  38                 data.assign(hold, -1);
  39
  40                 int inputData;
  41
  42                 for(int i=0;i<hold;i++){
  43                         f >> inputData;
  44                         set(i, inputData);
  45                 }
  46
  47                 updateStats();
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 m->errorOut(e, "OrderVector", "OrderVector");
  51                 exit(1);
  52         }
  53 }
  54
  55 /***********************************************************************/
  56
  57
  58 int OrderVector::getNumBins(){
  59         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  60         return numBins;
  61 }
  62
  63 /***********************************************************************/
  64
  65 int OrderVector::getNumSeqs(){
  66         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  67         return numSeqs;
  68 }
  69
  70 /***********************************************************************/
  71
  72 int OrderVector::getMaxRank(){
  73         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  74         return maxRank;
  75 }
  76 /***********************************************************************/
  77
  78 void OrderVector::clear(){
  79         numBins = 0;
  80         maxRank = 0;
  81         numSeqs = 0;
  82         data.clear();
  83 }
  84 /***********************************************************************/
  85
  86
  87
  88 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  89
  90         data[index] = binNumber;
  91         needToUpdate = 1;
  92
  93 }
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 int OrderVector::get(int index){
  98         return data[index];
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 void OrderVector::push_back(int index){
 104
 105         data.push_back(index);
 106         needToUpdate = 1;
 107
 108 }
 109
 110 /***********************************************************************/
 111
 112 void OrderVector::print(ostream& output){
 113         try {
 114                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 115
 116                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 117                         output << data[i] << '\t';
 118                 }
 119                 output << endl;
 120         }
 121         catch(exception& e) {
 122                 m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
 123                 exit(1);
 124         }
 125 }
 126
 127 /***********************************************************************/
 128
 129 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 130         try {
 131                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 132
 133                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 134                         output << data[i] << '\t';
 135                 }
 136                 output << endl;
 137         }
 138         catch(exception& e) {
 139                 m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
 140                 exit(1);
 141         }
 142 }
 143
 144 /***********************************************************************/
 145
 146 void OrderVector::resize(int){
 147         m->mothurOut("resize() did nothing in class OrderVector");
 148 }
 149
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 int OrderVector::size(){
 153         return data.size();
 154 }
 155
 156 /***********************************************************************/
 157
 158 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 159         return data.begin();
 160 }
 161
 162 /***********************************************************************/
 163
 164 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 165         return data.end();
 166 }
 167
 168 /***********************************************************************/
 169
 170 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 171         try {
 172                 RAbundVector rav(data.size());
 173
 174                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 175                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 176                 }
 177                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 178                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 179                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 180                         else{
 181                                 break;
 182                         }
 183                 }
 184                 rav.setLabel(label);
 185
 186                 return rav;
 187         }
 188         catch(exception& e) {
 189                 m->errorOut(e, "OrderVector", "getRAbundVector");
 190                 exit(1);
 191         }
 192 }
 193
 194 /***********************************************************************/
 195
 196 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 197
 198         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 199         return rav.getSAbundVector();
 200
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204
 205 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 206         return *this;
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210
 211 void OrderVector::updateStats(){
 212         try {
 213                 needToUpdate = 0;
 214         //      int maxBinVectorLength = 0;
 215                 numSeqs = 0;
 216                 numBins = 0;
 217                 maxRank = 0;
 218
 219                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 220                         if(data[i] != -1){
 221                                 numSeqs++;
 222                         }
 223                 }
 224
 225                 vector<int> hold(numSeqs);
 226
 227                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 228                         if(data[i] != -1){
 229                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 230                         }
 231                 }
 232                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 233                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 234                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 235                 }
 236         }
 237         catch(exception& e) {
 238                 m->errorOut(e, "OrderVector", "updateStats");
 239                 exit(1);
 240         }
 241 }
 242
 243 /***********************************************************************/
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