nseqs.h

   1 #ifndef NSEQS_H
   2 #define NSEQS_H
   3
   4 /*
   5  *  nseqs.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 3/16/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14
  15 #include "calculator.h"
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 class NSeqs : public Calculator {
  20
  21 public:
  22         NSeqs() : Calculator("nseqs", 1, false) {};
  23         EstOutput getValues(SAbundVector* rank){
  24                 data.resize(1,0);
  25                 data[0] = (double)rank->getNumSeqs();
  26                 return data;
  27         }
  28
  29         EstOutput getValues(vector<SharedRAbundVector*> shared) { //return number of sequences in the sharedotus
  30
  31                 int numGroups = shared.size();
  32                 data.clear(); data.resize(numGroups,0);
  33
  34                 for (int i = 0; i < shared[0]->getNumBins(); i++) {
  35                         //get bin values and set sharedByAll
  36                         bool sharedByAll = true;
  37                         for (int j = 0; j < numGroups; j++) {
  38                                 if (shared[j]->getAbundance(i) == 0) { sharedByAll = false; }
  39                         }
  40
  41                         //they are shared
  42                         if (sharedByAll == true) {  for (int j = 0; j < numGroups; j++) {  data[j] += shared[j]->getAbundance(i);  } }
  43                 }
  44
  45                 return data;
  46         }
  47         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Nseqs"; }
  48 };
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52 #endif