needlemanoverlap.hpp

   1 #ifndef NEEDLEMAN_H
   2 #define NEEDLEMAN_H
   3
   4 /*
   5  *  needleman.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This class is an Alignment child class that implements the Needleman-Wunsch pairwise alignment algorithm as
  12  *      described in:
  13  *
  14  *      Needleman SB & Wunsch CD.  1970.  A general method applicable to the search for similarities in the amino acid
  15  *              sequence of two proteins.  J Mol Biol.  48:443-53.
  16  *      Korf I, Yandell M, & Bedell J.  2003.  BLAST.  O'Reilly & Associates.  Sebastopol, CA.
  17  *
  18  *      This method is simple as it assesses a consistent penalty for each gap position.  Because this method typically has
  19  *      problems at the ends when two sequences do not full overlap, we employ a separate method to fix the ends (see
  20  *      Overlap class documentation)
  21  *
  22  */
  23
  24 #include "mothur.h"
  25 #include "alignment.hpp"
  26
  27 /**************************************************************************************************/
  28
  29 class NeedlemanOverlap : public Alignment {
  30
  31 public:
  32         NeedlemanOverlap(float, float, float, int);
  33         ~NeedlemanOverlap();
  34         void align(string, string);
  35     void alignPrimer(string, string);
  36
  37 private:
  38         float gap;
  39         float match;
  40         float mismatch;
  41     bool isEquivalent(char, char);
  42 };
  43
  44 /**************************************************************************************************/
  45
  46 #endif