myPerseus.h

   1 #ifndef MOTHURPERSEUS
   2 #define MOTHURPERSEUS
   3
   4 /*
   5  *  myPerseus.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 9/5/11.
   9  *  Copyright 2011 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothurout.h"
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17 struct seqData {
  18
  19         seqData(string name, string seq, int freq) : seqName(name), sequence(seq), frequency(freq) {    }
  20
  21         bool operator<( seqData const& rhs ) const {
  22
  23                 bool verdict = 0;
  24
  25                 if(frequency < rhs.frequency){
  26                         verdict = 1;
  27                 }
  28                 else if(frequency == rhs.frequency){
  29                         verdict = (seqName > rhs.seqName);
  30                 }
  31
  32                 return verdict;
  33         }
  34
  35         string seqName;
  36         string sequence;
  37         int frequency;
  38 };
  39 /**************************************************************************************************/
  40 struct pwModel {
  41         pwModel(double m, double mm, double g): MATCH(m), MISMATCH(mm), GAP_OPEN(g) {;}
  42         double MATCH;
  43         double MISMATCH;
  44         double GAP_OPEN;
  45 };
  46 /**************************************************************************************************/
  47 struct pwAlign {
  48         pwAlign(): query(""), reference(""){}
  49         pwAlign(string q, string r): query(q), reference(r){}
  50         string query;
  51         string reference;
  52
  53 };
  54 /**************************************************************************************************/
  55 class Perseus {
  56
  57 public:
  58         Perseus() { m = MothurOut::getInstance(); }
  59         ~Perseus() {}
  60
  61         vector<vector<double> > binomial(int);
  62         double modeledPairwiseAlignSeqs(string, string, string&, string&, vector<vector<double> >&);
  63         int getAlignments(int, vector<seqData>, vector<pwAlign>&, vector<vector<int> >& , vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&, int&, vector<bool>&);
  64         int getChimera(vector<seqData>,vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&,int&, int&, int&,vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<bool>);
  65         string stitchBimera(vector<pwAlign>&, int, int, int, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&);
  66         int getTrimera(vector<seqData>&, vector<vector<int> >&, int&, int&, int&, int&, int&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<bool>);
  67         string stitchTrimera(vector<pwAlign>, int, int, int, int, int, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&);
  68         double calcLoonIndex(string, string, string, int, vector<vector<double> >&);
  69         double classifyChimera(double, double, double, double, double);
  70
  71 private:
  72         MothurOut* m;
  73         int toInt(char);
  74         double basicPairwiseAlignSeqs(string, string, string&, string&, pwModel);
  75         int getDiffs(string, string, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  76         int getLastMatch(char, vector<vector<char> >&, int, int, string&, string&);
  77         int threeWayAlign(string, string, string, string&, string&, string&);
  78         double calcBestDistance(string, string);
  79
  80
  81 };
  82 /**************************************************************************************************/
  83 #endif
  84
  85