mothurmetastats.h

   1 #ifndef MOTHUR_METASTATS
   2 #define MOTHUR_METASTATS
   3
   4 /*
   5  *  mothurmetastats.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/6/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  14 #include "mothurout.h"
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  16 class MothurMetastats {
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  18         public:
  19                 MothurMetastats(double, int); //threshold, numPermutations
  20                 ~MothurMetastats();
  21
  22                 int runMetastats(string, vector< vector<double> >&, int); //outputFileName, data, secondGroupingStart
  23
  24         private:
  25                 MothurOut* m;
  26                 int row, column, numPermutations, secondGroupingStart;
  27                 double threshold;
  28
  29         vector<double> permuted_pvalues(vector< vector<double> >&, vector<double>&, vector< vector<double> >&);
  30         vector<double> permute_and_calc_ts(vector< vector<double> >&);
  31
  32                 int start(vector<double>&, int, vector<double>&, vector< vector<double> >&); //Find the initial values for the matrix
  33                 int meanvar(vector<double>&, int, vector<double>&);
  34                 int testp(vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&);
  35                 int permute_matrix(vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  36                 int permute_array(vector<int>&);
  37                 int calc_twosample_ts(vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  38                 double smoothSpline(vector<double>&, vector<double>&, int);
  39                 vector<double> calc_qvalues(vector<double>&);
  40                 vector<double> sknot1(double*, int);
  41                 int nkn(int);
  42                 int OrderPValues(int, int, vector<double>&, vector<int>&);
  43                 int swapElements(int, int, vector<double>&, vector<int>&);
  44                 vector<int> getSequence(int, int, int);
  45
  46 };
  47
  48 #endif
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