mothurfisher.h

   1 #ifndef MOTHUR_FISHER
   2 #define MOTHUR_FISHER
   3
   4 /*
   5  *  mothurfisher.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/8/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothurout.h"
  15
  16 class MothurFisher {
  17
  18 public:
  19         MothurFisher(){}
  20         ~MothurFisher(){}
  21
  22         double fexact(double, double, double, double);
  23
  24 private:
  25         MothurOut* m;
  26         double sleft, sright, sless, slarg;
  27         double sn11,sn1_,sn_1,sn,sprob;
  28         double lngamm(double);
  29         double lnfact(double);
  30         double lnbico(double, double);
  31         double hyper_323(double, double, double, double);
  32         double myhyper(double);
  33         double hyper0(double, double, double, double);
  34         double exact(double, double, double, double);
  35 };
  36
  37
  38 #endif
  39