mergetaxsummarycommand.h

   1 //
   2 //  mergetaxsummarycommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by Sarah Westcott on 2/13/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_mergetaxsummarycommand_h
  10 #define Mothur_mergetaxsummarycommand_h
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "phylosummary.h"
  15
  16 class MergeTaxSummaryCommand : public Command {
  17 public:
  18         MergeTaxSummaryCommand(string);
  19         MergeTaxSummaryCommand();
  20         ~MergeTaxSummaryCommand(){}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "merge.taxsummary";    }
  24         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";          }
  25         string getHelpString();
  26     string getOutputPattern(string){ return "";  }
  27         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Merge.taxsummary"; }
  28         string getDescription()         { return "merges tax summary files creating one file"; }
  29
  30
  31         int execute();
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34 private:
  35         vector<string> fileNames, outputNames;
  36         string outputFileName;
  37         int numInputFiles;
  38         bool abort;
  39
  40     int addTaxToTree(vector<rawTaxNode>&, int, int, string, int, map<string, int>);
  41     int assignRank(int index, vector<rawTaxNode>& tree);
  42     int print(ofstream& out, vector<rawTaxNode>& tree, set<string> groups);
  43     int print(int, ofstream& out, vector<rawTaxNode>& tree, set<string> groups);
  44 };
  45
  46
  47 #endif