mergegroupscommand.h

   1 #ifndef MERGEGROUPSCOMMAND_H
   2 #define MERGEGROUPSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  mergegroupscommand.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/24/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "inputdata.h"
  15 #include "sharedrabundvector.h"
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  17 class MergeGroupsCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         MergeGroupsCommand(string);
  21         MergeGroupsCommand();
  22         ~MergeGroupsCommand() {}
  23
  24         vector<string> setParameters();
  25         string getCommandName()                 { return "merge.groups";        }
  26         string getCommandCategory()             { return "General";                     }
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  28         string getHelpString();
  29     string getOutputPattern(string);
  30         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Merge.groups"; }
  31         string getDescription()         { return "reads shared file and a design file and merges the groups in the shared file that are in the same grouping in the design file"; }
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  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37 private:
  38         GroupMap* designMap;
  39         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  40
  41         bool abort, allLines, pickedGroups;
  42         set<string> labels; //holds labels to be used
  43         string groups, label, outputDir, inputDir, designfile, sharedfile, groupfile;
  44         vector<string> Groups, outputNames;
  45
  46         int process(vector<SharedRAbundVector*>&, ofstream&);
  47         int processSharedFile(GroupMap*&);
  48         int processGroupFile(GroupMap*&);
  49 };
  50
  51 #endif
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