makelefsecommand.h

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   2 //  makelefse.h
   3 //  Mothur
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   5 //  Created by SarahsWork on 6/3/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef __Mothur__makelefse__
  10 #define __Mothur__makelefse__
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  12 #include "mothurout.h"
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "inputdata.h"
  15 #include "sharedutilities.h"
  16 #include "phylosummary.h"
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  18 /**************************************************************************************************/
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  20 class MakeLefseCommand : public Command {
  21 public:
  22     MakeLefseCommand(string);
  23     MakeLefseCommand();
  24     ~MakeLefseCommand(){}
  25
  26     vector<string> setParameters();
  27     string getCommandName()                     { return "make.lefse";                  }
  28     string getCommandCategory()         { return "General";             }
  29
  30     string getOutputPattern(string);
  31         string getHelpString();
  32     string getCitation() { return "http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/root?tool_id=lefse_upload http://www.mothur.org/wiki/Make.lefse"; }
  33     string getDescription()             { return "creates LEfSe input file"; }
  34
  35     int execute();
  36     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39     bool abort, allLines, otulabel, hasGroupInfo;
  40     string outputDir;
  41     vector<string> outputNames, Groups;
  42     string sharedfile, designfile, constaxonomyfile, relabundfile, scale, label, inputFile;
  43
  44     int runRelabund(map<string, consTax2>&, vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  45
  46     vector<SharedRAbundFloatVector*> getRelabund();
  47     vector<SharedRAbundFloatVector*> getSharedRelabund();
  48 };
  49
  50 /**************************************************************************************************/
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  52
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  54
  55 #endif /* defined(__Mothur__makelefse__) */