makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  18 RELEASE_DATE = "\"10/16/2013\""
  19 VERSION = "\"1.32.1\""
  20 FORTAN_COMPILER = gfortran
  21 FORTRAN_FLAGS =
  22
  23 # Optimize to level 3:
  24 CXXFLAGS += -O3
  25
  26 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  27         #if you are using centos uncomment the following lines
  28         #CXX = g++44
  29
  30         #if you are a mac user use the following line
  31         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  32
  33         #if you using cygwin to build Windows the following line
  34         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  35         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  36         #FORTAN_COMPILER = x86_64-w64-mingw32-gfortran
  37         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  38
  39         #if you are a linux user use the following line
  40         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native
  41
  42         CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  43 endif
  44
  45
  46 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  47
  48 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  49 else
  50         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  51 endif
  52
  53 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  54     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  55     LDFLAGS += -mno-cygwin
  56 endif
  57
  58 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  59 # make sure you have the library installed
  60
  61
  62 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  63     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  64     LIBS = \
  65       -lreadline\
  66       -lncurses
  67 endif
  68
  69
  70 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  71     CXX = mpic++
  72     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  73 endif
  74
  75 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  76 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  77
  78
  79 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  80   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  81 endif
  82
  83 #
  84 # INCLUDE directories for mothur
  85 #
  86
  87      CXXFLAGS += -I.
  88
  89 #
  90 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  91 #
  92
  93 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  94 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  95 OBJECTS+=$(patsubst %.f,%.o,$(wildcard *.f))
  96
  97 mothur : fortranSource $(OBJECTS) uchime
  98         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  99
 100         strip mothur
 101
 102 uchime:
 103         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
 104
 105 fortranSource:
 106         ${FORTAN_COMPILER} -c $(FORTRAN_FLAGS) *.f
 107
 108 install : mothur
 109 #       cp mothur ../Release/mothur
 110
 111 %.o : %.c %.h
 112         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 113 %.o : %.cpp %.h
 114         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 115 %.o : %.cpp %.hpp
 116         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 117
 118
 119 clean :
 120         @rm -f $(OBJECTS)
 121         @rm -f uchime
 122