loadlogfilecommand.h

   1 #ifndef Mothur_loadlogfilecommand_h
   2 #define Mothur_loadlogfilecommand_h
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   4 //
   5 //  loadlogfilecommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 6/13/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
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  13 #include "command.hpp"
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  15 /**************************************************************************************************/
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  17 class LoadLogfileCommand : public Command {
  18 public:
  19     LoadLogfileCommand(string);
  20     LoadLogfileCommand();
  21     ~LoadLogfileCommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "load.logfile";                }
  25     string getCommandCategory()         { return "General";             }
  26         string getHelpString();
  27     string getOutputPattern(string) { return ""; }
  28     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Load.logfile"; }
  29     string getDescription()             { return "extracts current files from a logfile"; }
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  31     int execute();
  32     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34 private:
  35     bool abort;
  36     string outputDir, logfile;
  37     vector<string> outputNames;
  38
  39     int updateCurrent(string pattern, string type, string, vector<string> outputNames, map<string, string>& currentFiles);
  40 };
  41
  42 /**************************************************************************************************/
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  45
  46
  47 #endif