libshuffcommand.h

   1 #ifndef LIBSHUFFCOMMAND_H
   2 #define LIBSHUFFCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  libshuffcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 3/9/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "fullmatrix.h"
  15 #include "libshuff.h"
  16 #include "groupmap.h"
  17
  18
  19 class LibShuffCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         LibShuffCommand(string);
  23         LibShuffCommand();
  24         ~LibShuffCommand(){};
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "libshuff";                            }
  28         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";          }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "Singleton DR, Furlong MA, Rathbun SL, Whitman WB (2001). Quantitative comparisons of 16S rRNA gene sequence libraries from environmental samples. Appl Environ Microbiol 67: 4374-6. \nSchloss PD, Larget BR, Handelsman J (2004). Integration of microbial ecology and statistics: a test to compare gene libraries. Appl Environ Microbiol 70: 5485-92. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Libshuff"; }
  33         string getDescription()         { return "a generic test that describes whether two or more communities have the same structure using the Cramer-von Mises test statistic"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39         vector<string> groupNames;
  40
  41         void setGroups();
  42         int printCoverageFile();
  43         int printSummaryFile();
  44
  45         GroupMap* groupMap;
  46         FullMatrix* matrix;
  47         Libshuff* form;
  48         float cutOff, step;
  49         int numGroups, numComp, iters;
  50         string coverageFile, summaryFile, phylipfile, groupfile;
  51         vector<vector<int> > pValueCounts;
  52         vector<vector<double> > savedDXYValues;
  53         vector<vector<vector<double> > > savedMinValues;
  54
  55         bool abort, sim;
  56         string outputFile, groups, userform, savegroups, outputDir;
  57         vector<string> Groups, outputNames; //holds groups to be used
  58 };
  59
  60 #endif