kmertree.h

   1 //
   2 //  kmerTree.h
   3 //  pdsBayesian
   4 //
   5 //  Created by Patrick Schloss on 4/3/12.
   6 //  Copyright (c) 2012 University of Michigan. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef pdsBayesian_kmerTree_h
  10 #define pdsBayesian_kmerTree_h
  11
  12 #include "classify.h"
  13
  14 class KmerNode;
  15
  16 class KmerTree : public Classify {
  17
  18 public:
  19         KmerTree(string, string, int, int);
  20         ~KmerTree();
  21
  22     string getTaxonomy(Sequence*);
  23
  24 private:
  25     int addTaxonomyToTree(string, string, vector<int>&);
  26         vector<int> ripKmerProfile(string);
  27         int getMinRiskIndexKmer(vector<int>&, vector<int>&, vector<double>&);
  28         int aggregateThetas();
  29         int sanityCheck(vector<vector<int> >&, vector<int>&);
  30
  31         int kmerSize;
  32         int numPossibleKmers, confidenceThreshold;
  33         vector<KmerNode*> tree;
  34
  35 };
  36
  37 #endif