kmeans.h

   1 //
   2 //  kmeans.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 12/4/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_kmeans_h
  10 #define Mothur_kmeans_h
  11
  12 #include "communitytype.h"
  13
  14 /**************************************************************************************************/
  15
  16 class KMeans : public CommunityTypeFinder {
  17
  18 public:
  19     KMeans(vector<vector<int> >, int);
  20     vector<double> calcSilhouettes(vector< vector< double> >);
  21     double calcCHIndex(vector< vector< double> >);
  22
  23 private:
  24
  25     int findSecondClosest(vector<int>&, vector<vector<double> >&, map<int, int>);
  26     double calcScore(int sample, int partition, vector<vector<double> >&, map<int, int>);
  27
  28 };
  29
  30 /**************************************************************************************************/
  31
  32 #endif