hcluster.h

   1 #ifndef HCLUSTER_H
   2 #define HCLUSTER_H
   3
   4 /*
   5  *  hcluster.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "nameassignment.hpp"
  16
  17 class RAbundVector;
  18 class ListVector;
  19
  20 /***********************************************************************/
  21 class HCluster {
  22
  23 public:
  24         HCluster(RAbundVector*, ListVector*, string, string, NameAssignment*, float);
  25         ~HCluster(){};
  26     double update(int, int, float);
  27         void setMapWanted(bool m);
  28         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  29         vector<seqDist> getSeqs();
  30
  31 protected:
  32         void clusterBins();
  33         void clusterNames();
  34         int getUpmostParent(int);
  35         int makeActive();
  36         void printInfo();
  37         void updateArrayandLinkTable();
  38         void updateMap();
  39         vector<seqDist> getSeqsFNNN();
  40         vector<seqDist> getSeqsAN();
  41         int combineFile();
  42         int processFile();
  43         //seqDist getNextDist(char*, int&, int);
  44
  45         RAbundVector* rabund;
  46         ListVector* list;
  47         NameAssignment* nameMap;
  48
  49         vector<clusterNode> clusterArray;
  50
  51         //note: the nearest and average neighbor method do not use the link table or active links
  52         vector< map<int, int> > linkTable;  // vector of maps - linkTable[1][6] = 2  would mean sequence in spot 1 has 2 links with sequence in 6
  53         map<int, int> activeLinks;  //maps sequence to index in linkTable
  54         map<int, int>::iterator it;
  55         map<int, int>::iterator itActive;
  56         map<int, int>::iterator it2Active;
  57         map<int, int>::iterator it2;
  58
  59         int numSeqs;
  60         int smallRow;
  61         int smallCol;
  62         float smallDist, cutoff;
  63         map<string, int> seq2Bin;
  64         bool mapWanted, exitedBreak;
  65         seqDist next;
  66         string method, distfile;
  67         ifstream filehandle;
  68
  69         vector<seqDist> mergedMin;
  70         string partialDist;
  71         MothurOut* m;
  72
  73
  74 };
  75
  76 /***********************************************************************/
  77
  78
  79
  80
  81
  82
  83
  84 #endif
  85
  86