groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "mothurout.h"
  14
  15 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  16         certain sequence belongs to. */
  17
  18 class GroupMap {
  19 public:
  20         GroupMap() { m = MothurOut::getInstance(); }
  21         GroupMap(string);
  22         ~GroupMap();
  23         int readMap();
  24     int readMap(string);
  25         int readDesignMap();
  26     int readDesignMap(string);
  27         int getNumGroups();
  28         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  29         string getGroup(string);
  30         void setGroup(string, string);
  31         vector<string> getNamesOfGroups() {
  32                 sort(namesOfGroups.begin(), namesOfGroups.end());
  33                 groupIndex.clear();
  34                 for (int i = 0; i < namesOfGroups.size(); i++) { groupIndex[namesOfGroups[i]] = i; }
  35                 return namesOfGroups;
  36         }
  37     vector<string> getNamesSeqs();
  38         void setNamesOfGroups(vector<string> sn) { namesOfGroups = sn; }
  39         int getNumSeqs()  {  return groupmap.size();  }
  40         vector<string> getNamesSeqs(vector<string>); //get names of seqs belonging to a group or set of groups
  41         int getNumSeqs(string); //return the number of seqs in a given group
  42     int getCopy(GroupMap*);
  43
  44
  45     map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays and libshuff commands.
  46
  47 private:
  48         vector<string> namesOfGroups;
  49         MothurOut* m;
  50         ifstream fileHandle;
  51         string groupFileName;
  52     int index;
  53         map<string, string>::iterator it;
  54         void setNamesOfGroups(string);
  55         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  56         map<string, int> seqsPerGroup;  //maps groupname to number of seqs in that group
  57 };
  58
  59 #endif