gotohoverlap.hpp

   1 #ifndef GOTOHOVERLAP_H
   2 #define GOTOHOVERLAP_H
   3
   4 /*
   5  *  gotohoverlap.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This class is an Alignment child class that implements the Gotoh pairwise alignment algorithm as described in:
  12  *
  13  *              Gotoh O. 1982.  An improved algorithm for matching biological sequences.  J. Mol. Biol.  162:705-8.
  14  *              Myers, EW & Miller, W.  1988.  Optimal alignments in linear space.  Comput Appl Biosci. 4:11-7.
  15  *
  16  *      This method is nice because it allows for an affine gap penalty to be assessed, which is analogous to what is used
  17  *      in blast and is an alternative to Needleman-Wunsch, which only charges the same penalty for each gap position.
  18  *      Because this method typically has problems at the ends when two sequences do not full overlap, we employ a separate
  19  *      method to fix the ends (see Overlap class documentation)
  20  *
  21  */
  22
  23 #include "mothur.h"
  24 #include "alignment.hpp"
  25
  26 /**************************************************************************************************/
  27
  28 class GotohOverlap : public Alignment {
  29
  30 public:
  31         GotohOverlap(float, float, float, float, int);
  32         void align(string, string);
  33
  34         ~GotohOverlap() {}
  35
  36 private:
  37         float gapOpen;
  38         float gapExtend;
  39         float match;
  40         float mismatch;
  41 };
  42
  43 /**************************************************************************************************/
  44
  45 #endif