getrabundcommand.h

   1 #ifndef GETRABUNDCOMMAND_H
   2 #define GETRABUNDCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  getrabundcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 6/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "listvector.hpp"
  17
  18
  19 class GetRAbundCommand : public Command {
  20 public:
  21         GetRAbundCommand(string);
  22         GetRAbundCommand();
  23         ~GetRAbundCommand(){}
  24
  25         vector<string> setParameters();
  26         string getCommandName()                 { return "get.rabund";                          }
  27         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
  28
  29         string getHelpString();
  30     string getOutputPattern(string);
  31         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.rabund"; }
  32         string getDescription()         { return "creates a rabund file"; }
  33
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38
  39 private:
  40
  41         string filename, listfile, sabundfile, inputfile, format, outputDir, countfile;
  42         ofstream out;
  43         vector<string> outputNames;
  44
  45         bool abort, allLines, sorted;
  46         set<string> labels; //holds labels to be used
  47         string label;
  48
  49         int processList(ofstream& out);
  50     int createRabund(CountTable& ct, ListVector*& list, RAbundVector*& rabund);
  51 };
  52
  53 #endif
  54